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1996 年度 実績報告書

蛋白質結晶解析における高速画像処理法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 07558098
研究種目

基盤研究(B)

応募区分試験
研究機関姫路工業大学

研究代表者

森本 幸生  姫路工業大学, 理学部, 助教授 (80200450)

キーワード蛋白質結晶解析 / 画像処理 / 画像圧縮 / ウォルッシュ・アダマ-ル変換
研究概要

X線結晶解析法による蛋白質の立体構造解析では、最低限、単結晶からのX線回折強度を測定する必要がある。最近ではこの反射強度測定を、2次元検出器であるイメージングプレートを用いた写真法によって行っている。本研究では、現在のX線回折用イメージングプレートデータ(8.5メガバイト)が大型イメージングプレートになることを想定して、その画像データの高圧縮方法について検討し、開発を行う。方法は2次元フーリェ変換を応用し、画像データのRGB信号の代わりにフーリェ係数のみを保存する。
回折画像を圧縮するプログラムをプログラミングした。圧縮変換として離散フーリエ変換があり、高速変換(FFT)が可能であるが、圧縮効率が悪い。予備的なテストの結果では、離散フーリエ変換よりもウォルッシュ・アダマ-ル変換の方が高圧縮であった。そこでコンピュータメモリを増強し、ウォルッシュ・アダマ-ル変換にFFTを組み込んだアルゴリズムの開発を行った。また、昨年度のプログラムを拡張して、データ読み込みから圧縮までの一貫プログラムを完成させた。フーリエ変換を行う際、ピクセル数は縦・横が等しくなければならない。放射光施設で得られるデータは2048×4096ピクセルの8ビットデータである。そこで、正方形のデータを仮想的につくりテストを行った結果、係数成分のみを保存するファイルを作ることができた。しかし、このファイル自身の容量が元の画像データの容量程度あり、現在はこれをUNIXの圧縮コマンドを用いて圧縮している。プログラムの動作時間は、まだ最適化を行っていないため、1枚の画像を処理するのに約5分かかっている。圧縮効率は約10分の1である。

  • 研究成果

    (2件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (2件)

  • [文献書誌] T. Yabuuchi: "Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Salicylate Hydroxylase from Pseudomonas putida S-1." J. Biochem.119. 829-831 (1996)

  • [文献書誌] 薮内 剛: "DIP2000/DENZOによるタンパク質結晶のX線回折強度データの収集" 技法. 8. 21-31 (1995)

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公開日: 1999-03-08   更新日: 2016-04-21  

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