葉緑体およびミトコンドリアDNAをプローブとしたバラ、リンゴ野生種のRFLP解析を行い、オルガネラDNAの多様性を検出した。これらのバラ科植物では、オルガネラDNAは母系遺伝様式で後代に伝わっており、解析に基づく系統分類の結果から、従来の形態的特徴に基づく分類とは一致しない点があることが明らかとなった。リンゴでは本法による分類群に、従来の分類では見られない地理的分布との間の相関が見られた。この点に関して、現在さらに詳しい解析を行っている。また、新たに導入したRAPD解析法により、複雑な系譜を持つバラ栽培種を識別・同定する系を確立した。 リンゴから単離された自家不和合性遺伝子群と相同性のあるクローンをプローブとしたリンゴ野生種のRFLP解析を進め、これらのクローンが、リンゴ自家和合品種と不和合品種を早期選抜する分子マーカーとして有用であることを確認した。また、リンゴ野生種(自家不和合品種)の識別・同定にも有用であることがしされたが、これらのクローンの存在するゲノム上のローカスがヘテロで組換えを起こしやすい為、系統関係を復元するには至っていない。現在、リンゴ自家不和合品種から新たなクローンの単離を試みるとともに、自家和合品種およびバラからも自家不和合性遺伝子群と相同性を持つクローンの単離を試みており、これらのクローンの構造を比較して自家和合から不和合に至る分子進化と系統関係について明らかにしていく予定である。
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