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SBH(Sequencing by Hybridization)法による塩基配列決定法の処理骨格を研究するため、パソコン上で以下の小規模モデルを部分的に構築した。
1)10-merの標的DNAを仮定した。
2)3-merの全てのプローブ64種のパネルを作成し、その内の10箇所で、標的DNAとハイブリダイズしたと仮定し、上流、下流方向へ伸長するプログラムを作成した。また、伸長した塩基の長さの統計を調べるプログラムも作成した。
3)1000個の10-merのクローンからなるクローン・ライブラリーを作成するため、乱数発生で塩基配列を作成するプログラムを作り、発生したクローンから、同一クローンを削除するプログラムを作成した。
以上のごく一部の経験から、塩基配列決定処理では、膨大な記憶容量と処理速度の高速性が必要となることが確認できた。このことから、実用に供する処理プログラムは、大型コンピュータ上で走らせる必要があると確信した。
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