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初年度から古代試料中に多量に含まれる細菌やカビなどの汚染微生物の遺伝子の中から、目的の生物種の遺伝子を単離するための基礎的研究を行っている。初年度は、まずコンタミネーションを物理的に防ぐための実験系の確立を行った。古代DNAを扱うにあたって、実験室内に現世のDNAを扱う区域と物理的に隔たった区域を設け、DNAを抽出するためのクリーンベンチを導入した。またUV照射により現世のDNAのコンタミネーションを取り除く条件を検討するなど、系を整備した。また、最初の取り組みとして、まず目的の生物種を同定できる遺伝子領域を検索した。本研究で扱う生物種は主に哺乳類なので、哺乳類に特異的で細菌やカビなどの汚染微生物の遺伝子と区別できる領域として、ミトコンドリアDNAの特定の遺伝子領域を選定した。また、データベースを利用して、ヒトの遺伝子のコンタミネーションを防ぐようなプライマーのデザインを心掛けた。研究遂行上生じた問題点は、実際の古代動物試料は、骨・毛・皮など個々の試料ごとに材質も保存状態も異なるため、DNAを抽出する過程において、その都度個々に方法を検討する必要があることである。また、場合によっては、試料に含まれてくる重金属イオンがPCRに阻害作用を持つため、DNA増幅がうまくいかないことがある。現在、5〜6世紀の古墳から出土した甲冑や馬甲などに付着した哺乳類の毛の試料の同定に取り組んでいる。試料に鉄さびなどの不純物が多く含まれるため、DNA増幅の最適条件を検討する必要があり、試料からのから重金属イオンを取り除く条件の検討などを行っている。
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