| 研究概要 |
本研究の目的は、PCクラスタやグリッドのボランティアコンピューティング環境で稼働する生体シミュレータを作成することである.この生体シミュレータは,大阪大学・基礎工学研究科の野村研究室と共同でin Silico IDEモデル開発プラットフォームで開発した.
生体モデルに基づくシミュレーションをクラスタ上に自動並列化する.実装にはMPI(通信ライブラリ)とMETIS(グラフ分割ライブラリ)を用いた.神経細胞シミュレーションは,16台のPCクラスタで実行時間を6.5倍高速することに成功した.この並列化方法はin Silico IDEで作成するモデル全てに応用できる.今後の課題は,並列化を様々な環境(クラスタ、グリッド、ボランティア、など)で大規模シミュレーションに適応し,実行することである.
グリッドやマルチクラスタの環境では、計算より通信が実行のボトルネックになる.したがって,通信路を適切に利用し、通信数を最小限する理論が必要である.並列計算理論に基づき,マルチクラスタやグリッドにおける通信が多い並列処理の通信を最小限にするための理論を考案した.この理論でマルチクラスタで通信の多い並列計算を1.2倍-2倍まで高速化することに成功した.今後は,この理論を利用し、デスクトップグリッドで生体シミュレーションの並列実行を最適化する.
ボランティアコンピューティング環境では,通信が非常に低速で、計算機の信頼性も低いので、クラスタの並列化理論は適用できない.したがって、ボランティア環境の低遅延タクス処理のシミュレーションを行って、並列処理の方法を検討した.この結果,グリッドやボランティアコンピューティング環境で生体シミュレーションを実装する可能性が高いことが確信できている.
|
