1998 年度実績報告書

ゲノムの生物知識情報

研究課題

研究課題/領域番号	08283103
研究機関	京都大学
研究代表者	金久實京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)
研究分担者	阿久津達也東京大学, 医科学研究所, 助教授 (90261859) 浅井潔電子技術総合研究所, 知能情報部, 主任研究官中井謙太大阪大学, 細胞生体工学センター, 助教授 (60217643) 宮野悟東京大学, 医科学研究所, 教授 (50128104) 高木利久東京大学, 医科学研究所, 教授 (30110836)
キーワード	ゲノム解析 / 遺伝子機能予測 / タンパク質立体構造予測 / データベース / ネットワーク / 分子間相互作用 / パスウェイ / 遺伝子疾患
研究概要	国際的なレベルで進行中のゲノム解析計画では、すでに20種類ほどの生物種で全ゲノム塩基配列決定が終了したが、そのいずれにおいても機能未知の遺伝子が半分前後も残っている。本研究計画はゲノム情報に基づく生物学の知識の体系化と、コンピュータによるゲノムの機能解析を大きな研究目的としている。とくに、ゲノム解析がもたらす遺伝子カタログすなわち生命系の部品の情報から、生命系の機能に関するシステムレベルの情報がいかに解読できるのか、その情報構築原理を理解し、実際のゲノムに適用することを目指している。今年度の主な研究成果は以下の通りである。(1)遺伝子領域予測、タンパク質の機能予測と構造予測の方法に関する研究を継続し、さらに新たに遺伝子発現プロフィールの変化からその背後にある遺伝子ネットワークを予測する方法の開発を行った。(2)代謝系や制御系など、生命現象のシステム的な側面を分子間相互作用およびパスウェイとして表現したデータベースKEGGの構築を継続し、20種類のゲノムにおいてパスウェイ予測を行った。(3)文献中のテキストとして表現された専門知識を自動的に抽出する技術を精密化し、タンパク質名辞書の作成を行った。(4)遺伝子疾患に関するデータベース、転写制御シグナルに関するデータベースの構築を継続した。(5)情報収集・管理のためのインターネット技術の開発と実用化を行った。なお、本研究の成果はゲノムネットサービス(http://www.genome.ad.jp/)として国際的に提供している。

研究成果
(8件)

すべてその他

すべて文献書誌 (8件)

[文献書誌] Bono,H., Ogata,H., Kanehisa,M.他: "Reconstruction of amino acid biosynthesis pathways from the complete genome sequence." Genome Research. 8. 203-210 (1998)
[文献書誌] Tomii,K.and Kanehisa,M.Kanehisa,M.他: "A comparative analysis of ABC transporters in the complete microbial genomes" Genome Research. 8. 1048-1059 (1998)
[文献書誌] Kihara,D., Shimizu,T., and Kanehisa,M.: "Prediction of membrane proteins based on classification of transmembrane segments." Protein Engineering. 11. 961-970 (1998)
[文献書誌] Murakami,K.and Takagi,T.: "Gene recognition by combination of several gene-finding programs" Bioinformatics. 14. 665-675 (1998)
[文献書誌] Yada,T., Asai,K., Naki,K.他: "Automatic extraction of motifs represented in the hidden Markov model from a number of DNA sequences" Bioinformatics. 14. 317-325 (1998)
[文献書誌] Akutsu,T.and Tashimo,H.: "Linear programming based approach to the derivation of a contact potential for protein threading" Pacific.Symp.Biocomput.3. 413-424 (1998)
[文献書誌] Miyano,S.and Takagi,T.: "Genome Informatics Workshop 1998" Universal Academy Press,Inc., 400 (1998)
[文献書誌] 高木利久、金久實: "ゲノムネットのデータベース利用法[第2版]" 共立出版, 206 (1998)

1998 年度 実績報告書

ゲノムの生物知識情報

研究代表者

金久 實 京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)

研究成果

[文献書誌] Bono,H., Ogata,H., Kanehisa,M.他: "Reconstruction of amino acid biosynthesis pathways from the complete genome sequence." Genome Research. 8. 203-210 (1998)

[文献書誌] Tomii,K.and Kanehisa,M.Kanehisa,M.他: "A comparative analysis of ABC transporters in the complete microbial genomes" Genome Research. 8. 1048-1059 (1998)

[文献書誌] Kihara,D., Shimizu,T., and Kanehisa,M.: "Prediction of membrane proteins based on classification of transmembrane segments." Protein Engineering. 11. 961-970 (1998)

[文献書誌] Murakami,K.and Takagi,T.: "Gene recognition by combination of several gene-finding programs" Bioinformatics. 14. 665-675 (1998)

[文献書誌] Yada,T., Asai,K., Naki,K.他: "Automatic extraction of motifs represented in the hidden Markov model from a number of DNA sequences" Bioinformatics. 14. 317-325 (1998)

[文献書誌] Akutsu,T.and Tashimo,H.: "Linear programming based approach to the derivation of a contact potential for protein threading" Pacific.Symp.Biocomput.3. 413-424 (1998)

[文献書誌] Miyano,S.and Takagi,T.: "Genome Informatics Workshop 1998" Universal Academy Press,Inc., 400 (1998)

[文献書誌] 高木利久、金久 實: "ゲノムネットのデータベース利用法[第2版]" 共立出版, 206 (1998)

1998 年度実績報告書

金久實京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)

[文献書誌] 高木利久、金久實: "ゲノムネットのデータベース利用法[第2版]" 共立出版, 206 (1998)