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1997 年度 実績報告書

ゲノム機能解析

研究課題

研究課題/領域番号 08283105
研究機関国立遺伝学研究所

研究代表者

小原 雄治  国立遺伝学研究所, 生物遺伝資源情報総合センター, 教授 (70135292)

研究分担者 加藤 誠志  (財)相模中央化学研究所, 主任研究員
小笠原 直毅  奈良先端科学技術大学院大学, 教授 (10110553)
村上 康文  理化学研究所, 筑波研究センター, 先任研究員 (90200279)
伊藤 隆司  東京大学, 医科学研究所, 助手 (90201326)
大久保 公策  大阪大学, 細胞生体工学センター, 助教授 (40233069)
キーワードボディマップ / cDNA / 遺伝子破壊 / 遺伝子発現パターン / 線虫 / 出芽酵母 / 枯草菌 / ディファレンシャルディスプレイ
研究概要

成果報告
ヒトcDNA解析については、まずヒト各組織54およびマウス主要臓器から3'無作為シーケンスを約110,000集積しボディマップの充実を進めた(大久保)。また完全長cDNAの解析を進め1260種類の新規蛋白質遺伝子を含む2130種類の完全長cDNAクローンを同定し、200種類の新規完全長の配列決定をした(加藤)。未知遺伝子の機能解析のために酵母、マウスを用いた遺伝子破壊システムの確立をおこなった(高橋)。モデル生物ゲノムの解析では、線虫ゲノムのcDNAのカタログ化を全遺伝子の半数以上の8000種にまで進め、約2000種について発現細胞(系譜)を決定し発現パターンマップの構築を進めた(小原)。細胞性粘菌のcDNA解析を進めるため、18,000クローンをグリッド化し、タグ塩基配列決定、アンチセンスRNA発現コンストラクト作成を進めた(前田)。出芽酵母ゲノムでは第6染色体の遺伝子破壊実験から見いだされた24個の増殖必遺伝子について表現型解析をおこなった(村上)。EUグループとの共同で野生株、破壊株、過剰産生株の間でFDD解析を行い、新規の標的遺伝子候補22種及び8種の遺伝子を負の標的遺伝子として同定した。酵母全ORFの間でtwo-hybrid解析による蛋白質相互作用解析の準備をした(伊藤)。枯草菌ゲノムではわが国で決定された14Mb領域の約1400の遺伝子のうち443の遺伝子の破壊変異株を作成した。表現型のシステマチックな検出のために、7種類のC源の利用能、カタボライト感受性、蛋白質の分泌能、細胞の運動性、DNA損傷の感受性、塩・エタノール・過酸化水素・温度などのストレスに対する感受性、SDSに対する感受性を調べるための21種類のプレートを選び、コロニーの大きさ(増殖能)とLacZ活性による呈色の変化(発現)を調べる作業を開始した。また全蛋白の2次元電気泳動での同定と破壊株との対応付けを進めた(小笠原)。以上の研究結果は東大医科研ヒトゲノムセンターなどにおいてインターネット上での公開をおこなっている。

  • 研究成果

    (47件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (47件)

  • [文献書誌] Kunst,F: "The complete genome sequence of the gram-positive bacterium Bacillus subtilis" Nature. 390. 249-256 (1997)

  • [文献書誌] Kasahara,Y: "Sequence analysis of the groESL-cotA region of the Bacillus Subtilis genome,containing the restriction/modification system gene" DNA Res.4. 335-339 (1997)

  • [文献書誌] Beloin,C.: "Characterization of alrp-like gene in Bacillus subtilis." Biol.Gen.Genet. 256. 63-71 (1997)

  • [文献書誌] Sadaie,Y.: "Nucleotide sequence and analysis of the phoB-rrnE-groESL region of the Bacillus subtilis chromosome." Microbiology. 143. 1861-1866 (1997)

  • [文献書誌] Kasahara,Y.: "Sequence analysis of the 36Kb region between gntZ and tmY genes of Bacillus subtilis genome." DNA Res.4. 155-159 (1997)

  • [文献書誌] Kito,K: "Fluorescent differential display analysis of gene expression in differentiating neuroblastoma cells" Gene. 184. 73-81 (1997)

  • [文献書誌] Hata,K.: "Anionic amphiphile-independent activation of the phagocyte NADPH oxidase in a cell-free system by p47phox and p67phox,both in C terminally truncated forms:lmplication for regulatory SH3 domain-mediated interactions" J.Biol.Chem.273. 4232-4236 (1998)

  • [文献書誌] Kato,K.: "Adaptor-tagged competitive PCR: a novel m ethod for measuring relative gene expression." Nucleic Acids Research. 25. 4694-4696 (1997)

  • [文献書誌] Yoshioka,S.: "Identification of open reading frames in Schizosaccharomyces pombe cDNAs." DNA Research. 4. 363-369 (1997)

  • [文献書誌] Shimizu,F.: "Isolation of a novel human cDNA (rho HP1) homologous to rho genes." Biochemica et Biophysica Acta. 1351. 13-16 (1997)

  • [文献書誌] Takahashi,N.: "Molecular propaties of the proteasome activator PA28 family proteins and gamma-interferon regulation." Genes to Cells. 2. 195-211 (1997)

  • [文献書誌] Watanabe,K.T.: "Cloning and characterization of a novel member of the human Mad gene family (MADH)." Genomics. 42. 446-451 (1997)

  • [文献書誌] Maeda K: "Analysis of an expression profile of genes in the human adipose tissue" Gene. 190. 227-235 (1997)

  • [文献書誌] Okubo K: "Complementary DNA sequence(EST)collections and the expression information of the human genome" FFBS letters. 403. 225-229 (1997)

  • [文献書誌] Matsumoto A: "An expression profile of Genes in Human Retina and Isolation of a cDNA for a Novel Rod Photoreceptor protein" IOVS. 38. 2576-2585 (1997)

  • [文献書誌] Kuriyama H: "Molecular cloning and Expression of a Novel Aquaporin from Adipose Tissue with Glycerol permeabllity" BBRC. 241. 53-58 (1997)

  • [文献書誌] Matsuo N: "Cloning of a cDNA encoding a novel sugar transporter expressed in the neonatal mouse hippocampus" BBRC. 238. 126-129 (1997)

  • [文献書誌] Blazejewski S: "Expression in human liver and cultured human liver myofibroblasts" Am.j.of Pathology. 151. 651-657 (1997)

  • [文献書誌] Daigo,Y.: "Isolation, mapping and mutation analysis of a haman cDNA homologous to the doc-1 gene of the chinese hamster, a candidate tumor supressor for oral cancer." Genes, Chromosomes and Cancer. 20. 204-207 (1997)

  • [文献書誌] Takei,Y.: "Molecular cloning of a novel gene similar to myeroid antigen CD33 and its specific expression in placenta." Cytogenet.Cell Genet.78. 295-300 (1997)

  • [文献書誌] Omori,Y.: "Cloning and mapping of a novel human zinc-finger gene TCF-17 homologous to rodent kid1." Cytogenet.Cell Genet.78. 285-288 (1997)

  • [文献書誌] Onda,M.: "Expression and chromosomal localization of the human alpha 4/1GBP1 gene, the structure of which is closely related to the yeast TAR42 protein of the rapamycin-sensitive signal transduction pathway." Genomics. 46. 373-378 (1997)

  • [文献書誌] Hill,A.: "Assignment of fragile site 8E(FRA8E) of human chromosome band 8q24.11 adjacent to the hereditary multiple exostoses 1 gene and two overlapping Langer-Giedeon syndrome deletion endpoints." Cytogenet. Cell Genet.78. 56-57 (1997)

  • [文献書誌] Eki,T.: "Cloning and characterization of novel gene, DCRR1, expressed from Down's syndrome critical region of human chromosome 21q22.2" DNA Sequence. 7. 153-164 (1997)

  • [文献書誌] Ohira,M.: "Gene identification in 1.6-Mb region of the Down syndrome region on chromosome 21" Genome Res.7. 47-58 (1997)

  • [文献書誌] Naitou,M.: "Expression profiles of transcripts from 126 ORFs in Saccharomyces cerevisiae chromosome VI by systematic Northern analyse" Yeast. (in press). (1997)

  • [文献書誌] Ishiai,M.: "Isolation of human and fission yeast gene homologues of the budding yeast origin recognition complex subunit Orc5:Human homologue (PRC5L) maps to chromosome band 7q22" Genomics. (in press).

  • [文献書誌] Eki,T.: "Mapping of the human genes encoding cyclin H (CCNH) and CDK-activating kinase (CAK) assembly factor MAT1 (MNAT1) to chromosome bands 5q13.3-q14 and 14q23, respectively," Genomics. (in press).

  • [文献書誌] Goffeau.A.: "Yeast Genome Directory" Nature. Supplement to Vol 387,29 May. (1997)

  • [文献書誌] Sadamoto,A.: "Both hypertrophic and dilated cardiomyopathies are caused by mutation of the same gene, delta-sarcoglycan, in hamster:An animalmodel of disrupted dystrophin-associated glycoprotein complex" Proc.Nati.Acad.Sci.USA. 94. 13873-13878 (1997)

  • [文献書誌] Nakazato,A: "Comparison of the structural characteristics of chromosome VI in Saccharomyces sensu stricto:The divergence, species-dependent features and uniqueness of Sake yeast" Yeast. (in press). (1998)

  • [文献書誌] 村上康文: "ヒト遺伝子全容の理解を目指して:その1 ゲノム解析研究の目的とその方法" 科学技術ジャーナル. 1月号. 66-69 (1998)

  • [文献書誌] 村上康文: "ヒト遺伝子全容の理解を目指して:その2 ゲノム解析研究の目的とその方法" 科学技術ジャーナル. 2月号. 66-69 (1998)

  • [文献書誌] 村上康文: "ヒト遺伝子全容の理解を目指して:その3 塩基配列の解読法" 科学技術ジャーナル. 3月号. 66-69 (1998)

  • [文献書誌] 村上康文: "酵母:全ての真核生物のモデルとして" サイアス. 1998年2月20日号. 53 (1998)

  • [文献書誌] 村上康文: "出芽酵母のゲノム解析" 蛋白質核酸酵素. 42巻(17). 2927-2932 (1997)

  • [文献書誌] Furihata,C.: "Differentially expressed MHC class II-associated invariant chain in rat stomach pyloric mucosa with N-methyl-N'-nitro-N nitrosoguanidine exposure" Cancer Res.57. 1416-1418 (1997)

  • [文献書誌] Furihata,C.: "Rare occurrence of ras and p53 gene mutation in mouse stomach tumors induced by N-methyl-N-nitrosourea" Jpn.J.Cancer Res.88. 363-368 (1997)

  • [文献書誌] Hagiwara,Y.: "Screening for imprinted genes by allelic message display:Identification of a patemally expressed gene Impact on mouse chromosome 18" Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 94. 9249-9254 (1997)

  • [文献書誌] Adati,N: "Isolation and expression study of a maternally expressed novel Xenopus gene Xem1 encoding a putative evolutionarily conserved membrane protein" Biochem.Biophys.Res.Commun. 238. 899-904 (1997)

  • [文献書誌] Mizuki,K.: "Functional modules and expression of mouse p40phox and p67phox, Src homology 3 (SH3) domain-containing proteins involved in the phagocyte NADPH oxidase complex" Eur.J.Biochem.251. 573-582 (1998)

  • [文献書誌] Nakamura,R.: "The PC motif:A novel and evolutionarily conserved sequence involved in interaction between p40phox and p67phox,SH3 domain-containing cytosolic factors of the phagocyte NADPH oxidase" Eur.J.Biochem.251. 583-589 (1998)

  • [文献書誌] 村上康文: "酵母の機能解析プロジェクト" 蛋白質核酸酵素. 42巻(17). 3067-3069 (1997)

  • [文献書誌] M.Maeda: "Activation of the mitogen-activated protein kinase ERK2 by the chemoattractant folic acid in Dictyostelium." J.Biol.Chem.vol.272(38). 23690-23695 (1997)

  • [文献書誌] Y.Kubohara: "Effient induction by DIF-1 and 8-bromo cyclic AMP of prespore-to-stalk conversion in Dictyostelium discoideum." Com.Biochem.Physiol.118A(3). 841-845 (1997)

  • [文献書誌] L.Aubry: "The Dictyostelium mitogen-activated protein kinase ERK2 is regulated by ras and cAMP-dependent protein kinase (PKA) and mediates PKA function." J.Bio.Chem.vol.272(7). 3883-3886 (1997)

  • [文献書誌] 小原雄治: "線虫(1000細胞のシンフォニ-)" 共立出版株式会社, 1-153 (1997)

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公開日: 1999-03-15   更新日: 2016-04-21  

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