ヒトゲノム構造解析

1999 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 08283108
• 研究機関: 国立がんセンター
• 研究代表者: 大木 操 国立がんセンター研究所, 放射線研究部, 部長 (00158792)
• 研究分担者: 猪子 英俊 東海大学, 医学部, 教授 (10101932) ; 清水 信義 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (50162706) ; 榊 佳之 東京大学, 医科学研究所, 教授 (10112327) ; 阿部 達生 京都府立医科大学, 教授 (60079746) ; 新川 詔夫 長崎大学, 医学部, 教授 (00111170)
• キーワード: 11q23 / ヒト21番染色体 / 22番染色体 / 進行性骨異形症 / TGFβ1遺伝子 / Bardet-Biedl症候群 / がん抑制遺伝子 / SKY法

研究概要

11q23領域の4Mbのゲノム解析を行い、新規遺伝子27コを含む合計17コの遺伝子をマップした。ヒト21番染色体について約17Mbの配列を決定した。国内外の研究室との協同により全シーケンス(32Mb)の決定が終了しつつある。21番・22番染色体に関して整列化してコンティグを用いて高精度の塩基配列を決定し、染色体丸ごとのシーケンスに貢献した。また得られたシーケンスを、新規遺伝子の発見、病因遺伝子のマッピングに活用した。進行性骨異形症(Engelmann病)原因遺伝子がTGFβ1遺伝子(TGFB1)であることを明らかにした。連鎖解析によりBardet-Biedl症候群座局在を3p13-p12に同定した。生活習慣病の責任遺伝子の単離同定のため離島の住民を対象にして遺伝子解析を行った。頸動脈硬化度、起立時血圧変動などにおいて関連する遺伝子群が見出された。培養細胞樹立の成果として、先天性疾患では合計61例、腫瘍性疾患っでは合計13例の細胞培養継代が成功している。このうち多発性外骨腫症に関しては、過去に報告の無い変異を見つけた。乳癌・肝癌に高頻度な欠失を認める17q25.1,4q21領域についてゲノムクローンの整列化とゲノムシークエンスにより種々の癌細胞株で発現異常を示す多数の新規遺伝子を同定した。T細胞受容体遺伝子座との染色体転座によって活性化される新規候補癌遺伝子TML1ならびにTCL6遺伝子を単離した。膵臓癌、子宮体癌における第6番染色体長腕、第10番染色体長腕、第12番染色体長腕上の高頻度欠失領域からのがん抑制遺伝子の単離のため、D12S81-D12S1719および12q22-q23.1上のD12S360-D12S78についてBACコンティグによる物理的地図を完成させ、新規遺伝子GnT-IV-Hを同定した。完全長cDNAライブラリーのノーマリゼーション&サブトラクション法について検討し、ライブラリーの完全長率を高く保持しながら、新規遺伝子のクローンの含有率が高いライブラリーを作成することに成功した。ヒト11番染色体長腕、18番染色体全領域についてSeedBACの単離と90Mbドラフト配列を決定した。また、11番染色体長腕全領域について、複製タイミングを明らかにした。G分染像に対応したバンドごとに異なる色調で識別できる新しいSKY法(multicolor-binding法)を開発し、バンド単位で転座染色体断片やDMsの由来を同定することに成功した。

研究成果

• [文献書誌] Gomyo, H.: "A2-Md sequence-ready contig map and a novel immunoglobulin superfamily gene IGSF4 in the LOH region of chromosome 11q23.2"Genomics. 62. 139-146 (1999)
• [文献書誌] Ichikawa, H.: "Dual transforming activities of the FUS(TLS)-ERG leukemia fusion protein conferred by two N-teminal domains of FUS(TLS)"Mol. Cell. Blol.. 19. 7639-7650 (1999)
• [文献書誌] Morohoshi, F.: "Structure and expression pattern of a human MTG8/ETO family gene, MTGR1"Gene. 241. 287-295 (2000)
• [文献書誌] Narita, M.: "Consistent detection of CALM-AF10 chimaeric transcripts in haematological malignancies with t(10;11) (p13;q14) and indentification of novel transcripts"Brit. J. Haematol. 105. 928-937 (1999)
• [文献書誌] Tanaka, K.: "Detection of translocation 8;21 on interphase cells from acute myelocytic leukemia by fluorescence in situ hybridization and its clinical application"Cancer Genet. Cytogenet.. 113. 29-35 (1999)
• [文献書誌] Nishiyama, M.: "11p15 translocations involving the NUP98 gene in childhood therapy-related acute myeloid leukemia/Myelodysplastic syndrome"Gnes Chrom. Cancer. 26. 215-220 (1999)
• [文献書誌] 阿部 達生: "がんの細胞生物学"医学書院、東京. pp1-pp365 (2000)
• [文献書誌] Hayashi, K.: "SSCP analysis of point mutations by multi-color capillary electrophoresis"Humana Press, NJ, U.S.A.. ((in press))