| 研究課題/領域番号 |
08508002
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| 研究種目 |
基盤研究(A)
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| 応募区分 | 試験 |
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| 研究機関 | 筑波大学 |
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研究代表者 |
伊倉 光彦 筑波大学, 応用生物化学系, 教授 (00142688)
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| 研究分担者 |
MARK Swindel (株)ヘリックス研究所, バイオインフォーマテックス部, 研究員
古谷 利夫 (株)ヘリックス研究所, 研究企画部, 部長
田中 俊之 筑波大学, 応用生物化学系, 講師 (10217052)
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| キーワード | NMR / シグナル帰属 / 蛋白質 / EFハンド |
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| 研究概要 |
NMRを用いた蛋白質の構造決定が年々盛んになっており、プロテインデータバンクに登録されているデータ数も急増している。その中で、EFバンド蛋白質に着目して、立体構造のホモロジー検索とMMRデータ帰属の自動化を大系的に構築する試みを進めている。本年度は、その準備段階として以下の点を検討した。
1)カルモデュリンのカルシウム非結合型構造と他のEFバンド型蛋白質の構造の間でホモロジー検索を行った。その結果カルモデュリンのC末端ドメインについて、ミオシン軽鎖のC末端ドメインの間で高い類似性が見い出され、カルモデュリンのC末端はいわゆる“Semi-Open"コンホメーションを取っていることが判明した。(Swindells & Ikura,1996)この検索法を更に拡張してドメイン構造のより細かい分類を検討している。
2)EFハンド蛋白質のNMRデータ解析の一貫としてリカバリンのNMR帰属の詳細について論文を投稿中である。(Tanaka et al.,1997)
3)カルモデュリン、トロボニンC、リカバリンを始めとしてこれまで解析が完了しているEFハンド蛋白質のNMRデータのライブラリー整備を現在進めている。
4)カルモデュリンの阻害剤W-7複合体についてNMR解析を行い、その立体構造を決定すると同時に、非結合型とのNMRデータの比較を行い、阻害剤とカルモデュリンとの結合様式の解析に役立てる試みを行っている。
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