| 研究課題/領域番号 |
08508002
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| 研究機関 | 筑波大学 |
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研究代表者 |
田中 俊之 筑波大学, 応用生物化学系, 講師 (10217052)
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| 研究分担者 |
SWINDELLS Ma (株)ヘリックス研究所, バイオインフォーマティクス部, 研究員
古谷 利夫 (株)ヘリックス研究所, 研究企画部, 部長
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| キーワード | NMR / シグナル帰属 / 蛋白質 / EFハンド |
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| 研究概要 |
本研究は、蛋白質のNMRデータ解析の効率化をはかることによって、より迅速に、しかも正確に立体構造を決定する方法を確立することを目的としている。この方法の基礎となるのは、既に構造解析が行われた蛋白質の化学シフトや核オーバーハウザ-効果のデータベースと立体構造の情報であり、特にEFハンド型蛋白質をターゲットとしたプログラムの開発を行う。
1.データベースの整備
リカバリンのカルシウム非結合型構造の精密化及びカルシウム結合型のNMR構造解析、さらにカルモデュリンとその最も強力な阻害剤であるW-7の複合体の構造解析を行い、データベースをさらに充実させた。
2.プロトタイプの作成
EFハンド型蛋白質の一次配列から予測される二次構造を基礎として、各アミノ酸タイプに特異的な主鎖の^1H、^<13>C及び^<15>Nの化学シフト候補を上げるアルゴリズムを検討中である。また、既に構造解析されているEFハンド型蛋白質の一次配列とのホモロジー検索の結果と化学シフトデータベースを参照し、より確からしいピークの帰属を行う試みも進めている。
構造が未知の蛋白質であるニューロカルシンについて、その安定同位体ラベルされた蛋白質を調製し、カルシウム非存在下で一連の異種核三次元NMRスペクトルを測定した。現在、得られたスペクトルから^1H、^<13>C及び^<15>Nの化学シフト情報を抽出しており、上記アルゴリズムの検定に使用する予定である。
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