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この数百万年間度重なる大陸からの渡来の波が3方向からあり、しかも列島は南北に長くいくつかの地理的障壁が存在するため、日本の小型哺乳類相は相当複雑な構成になっていると考えられている。この小型哺乳類の歴史的構成を理解するために、種間、種内の遺伝的交流について解析した。主として対象としたのはヤマネ類およびネズミ類で、北海道、本州・四国・九州、琉球の3つの地理的ドメインよりサンプルを採集した。用いたDNAマーカーとしてはミトコンドリアDNA上の遺伝子(cyt b)や、核の遺伝子(IRBP)の塩基配列の変異を用いた。大陸の近縁種と遺伝的変異の度合いを調べたところ、日本産の小型哺乳類は比較的高い遺伝的固有性を保持していることが明らかとなった。特に、本州、琉球ドメインに生息する種は高いレベルを示した。しかし、このレベルは同じ地域に生息している種間で異なっていた。高いレベルの同種内の遺伝的多様性の度合いはヤマネ、トウホクヤチネズミ、アカネズミ、トゲネズミで観察され、また大陸の集団との比較でタイリクヤチネズミ、タイリクヒメヤチネズミにおいて観察された。これらの結果は日本列島は種の多様度や遺伝的多様度を高める上で重要な役割を担っていることを示唆している。さらに、これらの分子系統、および生息分布を考慮すると、度重なる種間、地理的集団間の遺伝的交流が小型哺乳類の多くの種においてその種分化の過程の中で存在したものと推察された。
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