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4種類の果樹(リンゴ、ニホンナシ、セイヨウナシ、ウンシュウミカン)からChenopodium quinoaあるいはNicotiana occidentalisに分離したカピロウイルス12分離株について、外被タンパク質遺伝子を含むゲノムの3'末端領域のRT-PCRによる増幅を試みた。リンゴステムグル-ピングウイルス(ASGV、P-209)に特異的な2種類のプライマーとカンキツタタ-リ-フウイルス(CTLV、Li-23)に特異的な1種類のプライマーを用いたところ、ほとんどの分離株でどのプライマーセットでもDNAの増幅が認められた。一部の分離株について増幅産物の塩基配列(ゲノムの3'末端から約1kb)を調べたところ、リンゴ、ニホンナシ、セイヨウナシの各分離株には塩基配列が異なる複数(2-4種類)のカピロウイルスが存在していた。これらの3'末端約1kbの塩基配列とASGV(P-209)やCTLV(Li-23)の塩基配列を比較すると、これまで分離されたカピロウイルスは塩基配列の異なる4つのグループ(グループ間の相同性は90.6-93.0%)に分類された。
以上の結果より、各種果樹類に感染しているASGVは、そのゲノムが不均一であることが明らかになった。
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