ルーメン内に生息する低pH耐性菌であるStreptococcus bovisおよび、セルロース分解菌であるRuminococcus albusのH^+-ATPaseをコードする遺伝子郡(atpオペロン)をInverse PCR法によりクローニングし、全塩基配列を決定した。 S. bovisのatpオペロンは、atp E (cサブユニット)、atp B (a)、atp F (b)、atp H (δ)、atp A (α)、atp G (γ)、atp D (β)、およびatp C (ε)がこの順番で構成されており、全塩基数は6.5kbpであった。 R. albusのatpオペロンは、atp B (aサブユニット)、atp E (c)、atp F (b)、atp H (δ)、atp A (α)、atp G (γ)、atp D (β)、およびatp C (ε)がこの順番で構成されており、atb Bの上流にはB. subtilisのatp Iと類似しているCRFがあった。このCRFを含めて、R. albusのatpオペロンの全塩基数は約7kbpであった。 また、S. bovisのatpオペロンについてPrimer extensionを試みた結果、長さの異なる3つのatp-mRNAが存在することが明らかとなった。また、これらの3つのRNAの相対量は培養時のpHによって異なっていた。従って、本酵素の合成はpHによって転写もしくは転写後レベルで調節される可能性がある。
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