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1997 年度 実績報告書

大腸菌の機能未知遺伝子郡の実験的手法による網羅的な機能解析

研究課題

研究課題/領域番号 09272102
研究機関奈良先端科学技術大学院大学

研究代表者

北川 正成  奈良先端科学技術大学院大学, 遺伝子教育研究センター, 助手 (70273860)

研究分担者 森 浩禎  奈良先端科学技術大学院大学, 遺伝子教育研究センター, 教授 (90182203)
山本 義弘  兵庫医科大学, 遺伝学講座, 講師 (60068567)
三木 健良  九州大学, 薬学部, 助教授 (40037586)
キーワード大腸菌 / ゲノムプロジェクト / ゲノム機能解析 / 遺伝子破壊 / Genetic Footprinting / タンパク質相互作用地図
研究概要

大腸菌におけるゲノムプロジェクトから新しく予測された機能未知の遺伝子群の実験による機能解析の方法論の確立およびそれを用いた解析を目的として、本研究は進められた。
1)大腸菌全遺伝子(ORF)の破壊株の作製と変異株のライブラリーの構築(三木)
大腸菌遺伝子の網羅的破壊を行うに際し、トランスポゾンを用いた戦略を考察し、そのシステムを開発した。
2)必須未知遺伝子の検索方法の開発(山本)
大腸菌染色体4.65Mbの上の生存に必須の未知遺伝子を系統的に検索するため、100kbまでの長さの欠失を順次行っていくLCD法を開発した。
3)Genetic Footprintingによる遺伝子機能の同定法の大腸菌への適用(北川、森)
酵母において開発され、適用されている「Genetic Footprinting」による遺伝子機能の解明法を、大腸菌においても適用できる系の開発を行い、Footprintパターンの元になるバンドパターンを得ることに成功した。今後、適当な選択圧をかけたとき、このパターンの変化を見ることができるように、条件を検討していく必要がある。
4)ORF破壊と発現調査ベクターの開発と改良(北川、森、山本)
プロモータ活性測定及び極性効果相殺を目的としたプラスミドの開発を行った。このプラスミドベクターを用いて、ターゲットを絞ったORF破壊と発現パターン解析を進める予定である。
5)タンパク質相互作用地図作製のためのTwo-hybridシステムの改良(北川、森)
大腸菌の全タンパク質の相互作用の解析をすすめるために、酵母のTwo-Hybrid Systemを利用する系の改良を行った。
以上のように、大腸菌におけるゲノム機能解析は、システマティックな破壊株作成を目的とした系の開発に、ほぼ目処が付いたと言える。今後、全ORFのクローニングも視野に入れて、上記のようなアプローチを進めていく予定である。

  • 研究成果

    (1件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (1件)

  • [文献書誌] Yamamoto Y.: "Construction of a Contiguous 874-Kb Sequence of the Escherichia coli K12 Genome Corresponding to the 50.0-68.8 min on the Linkage Map and Analysis of Its Sequence Features" DNA Research. 4. 91-113 (1997)

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公開日: 1999-03-15   更新日: 2016-04-21  

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