癌抑制遺伝子座のゲノム構造解析:ゲノムシークエンシングによる発癌機構の解明

1997 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 09272205
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 油谷 浩幸 東京大学, 医学部附属病院, 助手 (10202657)
• 研究分担者: 児玉 龍彦 東京大学, 先端研究センター科学技術, 教授 (90170266)
• キーワード: 染色体欠失 / RDA法 / ゲノムシークエンシング / cDNAセレクション / LOH / 癌抑制遺伝子

研究概要

RDA法により検出された染色体ホモ欠失領域を手がかりとして、癌抑制遺伝子座の構造解析を進めた。スキルス胃癌細胞株2Mおよび2MD3を材料に癌細胞染色体中でホモ欠失を示すゲノム領域について90-150kbのBACクローンとしてゲノムクローニングに成功した。1p22-23、3p24、16q22-23の3つのホモ欠失領域内の転写産物の同定を試みた。
1.ホモ欠失領域からの候補遺伝子の同定
ゲノムシークエンシングとエクソン配列の予測 ショットガン法によるその全シークエンシングを進め、GRAILあるいはGeneFinderなどのプログラムによりコンピューター上でエクソン配列の予測を行った。cDNAセレクション法及びエクソントラッピング法も併用して転写産物の同定に当たった結果、ノーザン解析にて陽性なクローンが、1p由来が1つ、16q由来が3クローン得られており、現在cDNA全長を得るべく解析を進めている。
2.候補遺伝子座の変異解析
癌細胞DNAにおける染色体変異の探索 得られた染色体ホモ欠失領域の評価のため、癌細胞株パネルによるホモ欠失の頻度および、手術により得られた癌DNAにおけるヘテロ接合性の消失(LOH,Loss of heterozygosity)を検討した。ホモ欠失領域について乳癌検体でLOHを検討すると16q22-23では70%、,3pでは40%、1pでは41%と高頻度な欠失が認められ、癌抑制遺伝子が存在する可能性が高いと考えられた。最小共通欠失領域(SRO)については、16qはD16S515-S516、3pはD3S3473-S2338、1pはD1S1673-S2766であった。

研究成果

• [文献書誌] Aburatani H, HIPPO.Y, Ishida T, et al.: "Cloning and characterization of mammalian 8-hydroxyguanine-specific DNA glycosylate lapurinic,apykimidinic lyase,a functional mut M homologue" Cancer Res.57(11). 2151-2156 (1997)
• [文献書誌] Hallstensson K,Thylin S,Aburatani H, et al.: "Representational Difference Analysis and Loss of Heterozygosity Studies Detect 3p Deletions in Neuroblastoma." Eur.J.Cancer. 33(12). 1966-1970 (1997)
• [文献書誌] Suzuki H,Kurihara Y,Aburatani H,Kodama T, et al.: "A role for macrophage scavenger receptors in atherosclerosis and sudceptibility to infection." Nature. 386(6622). 292-296 (1997)
• [文献書誌] Doi T,Minami T,Itoh M,Aburatani H, et al.: "An alternative form of nucleolysin binds to a T-cluster DNA in the silencer element of platelet factor 4 gene." Biochem.Biophys.Res.Commun.235(3). 625-630 (1997)
• [文献書誌] Ejeskar K,Aburatani H,Abrahamsson J, et al.: "Loss of heterozygosity of 3p markers in neuroblastoma tumors implicate a tumor-suppressor locus distal to the FHIT gene." Br.J.Cancer. 印刷中. (1998)