mRNA転写開始点の同定と遺伝子発現の解析

1997 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 09272208
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 菅野 純夫 東京大学, 医科学研究所, 助教授 (60162848)
• キーワード: cDNA / 完全長 / ライブラリー / ゲノムプロジェクト / mRNA / 転写開始点 / 逆転写酵素

研究概要

本年度は、発現ベクターpME18S-FL3(Genbank accession number AB009864)をベクターに、完全長cDNAライブラリーを作成した。作成したライブラリーは、ヒトが、培養細胞5種、正常組織7種、腫瘍組織3種の計15種。マウスが、正常組織8種で合計23種となっている。これらのライブラリーの完全長率は50%-80%の間に分布している。完全長率を決める最大の要因は、作成に使用するpolyA+RNAの質である。一般に、培養細胞由来のものが良く、組織由来のものは悪い。特に、腫瘍組織は壊死部分を含むことが多く、完全長率が悪かった。培養細胞でも、広範にapoptosisを起こしたようなものは良くない。オリゴキャップ法は本来この影響を受けないはずなので、完全長率がpolyA+RNAの質に依存する理由は現在のところ不明である。現在までに、ヒト回腸粘膜由来の完全長cDNAライブラリーkaiaより、約3100クローン、その他のヒト由来ライブラリーより1500クローン、計4600クローンの1パス塩基配列決定を行った。データ解析を行ったkaiaの2000クローンにつき報告する。既知のものとホモロジーを示すものが49%を占め、このうち、57%が既知の5'端と一致するか、それより長いもの(full)であった。ESTのみとホモロジーのあったものが28%、何等の遺伝子ともホモロジーを示さないもの(new)は23%であった。クローンの重複度は2000クローン配列決定した時点で約1.7である。ホモロジーを見出した既知ヒト遺伝子のmRNAの長さの分布から、3000塩基長以下のmRNAの完全長cDNAクローンが80%を占めることがわかる。しかし、5000塩基長、あるいはそれ以上のものの完全長cDNAクローンも存在した。このことから、予想と異なり、4000塩基長より長いmRNAに対応する完全長cDNAクローンもこのライブラリーから分離可能であるといえる。

研究成果

• [文献書誌] Yu,Y.-s.: "The promoter structure of TGF-β type II receptor revieled by "oligo-capping" method and deletion analysis." Biochem.Biophys.Res.Comm.225. 302-306 (1996)
• [文献書誌] Iitaka,M.: "Transplantable rat thyroid cancer cell line FRTC transformed with muramyl dipeptide." Brit.J.Cancer Res.75. 40-46 (1997)
• [文献書誌] Kurihara,T.: "Genomic structure and promoter analysis of the gene encoding MM3,a member of transmembrane 4 superfamily." Gene,. 185. 277-283 (1997)
• [文献書誌] Yoshitomo,K.: "Cloning of the promoter regions of mouse TGF-β receptor genes by inverse PCR with highly overlapped primers." DNA Res.4. 73-75 (1997)
• [文献書誌] Takada,T.: "Selective production of transgenic mice using green fluoresent protein as a marker." Nature Biotech.15. 458-461 (1997)
• [文献書誌] Hitomi,S.: "Human cytomegalovirus,open reading frame UL11 encodes a highly polymorphic protein expressed on the infected cell surfa" Arch.Virol.142. 1407-1427 (1997)