| 研究概要 |
ヒトの肉腫の手術材料からのDNAおよびmRNAの抽出を行った。培養細胞,新鮮凍結材料,さらに,病理組織との対応のため,ホルマリン固定・パラフィン包埋ブロックの,組織が確認された部分を選択的に用い,培養細胞,新鮮凍結材料と平行して実験を行った。
培養細胞,新鮮凍結材料が得られた症例については,従来からの手法通りに核酸の抽出が可能であった。パラフィン包埋ブロックからの核酸の抽出は,DNAに関してはほぼ確立し,比較的安定した。しかし,RNAに関しては,可能ではあるが不安定であり,さらに効率のよいプロトコールを調整中である。培養細胞や新鮮凍結材料からのサンプルと比べて,パラフィン包埋材料のサンプルは明らかに増幅の効率が悪く,均一なPCR産物を得ることが困難な症例があった。パラフィン包埋標本からのサンプルに対してある程度効率のよいPCRを行える条件として,PCR産物の大きさとの関係が明らかとなった。また,培養細胞から抽出したDNAで調整したプライマー,プロトコールを用いても,パラフィン包埋標本からのサンプルに対しては必ずしも最適なPCRの条件とはならないことがわかった。これらは,実際にPCR用プライマーを設計し,PCRの条件を決定する際に有用な情報となった。
Sequence Detection Systemを用いた定量的PCRについては,予備実験段階である。neuroblastomaの培養細胞から抽出した核酸を用いて,differential PCRによるN-myc遺伝子の増幅の検出を行い,Sequence Detection Systemとの比較の材料とした。結果がサンプルの質に左右されるため,より信頼性のある標準値の取り方の調整を進めている。
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