1997 年度実績報告書

RNAポリメラーゼの活性化機構の分子論的解析

研究課題

研究課題/領域番号	09480176
研究機関	大阪大学
研究代表者	京極好正大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (90012632)
研究分担者	藤田信之国立遺伝学研究所, 助手 (90173434) 山崎俊夫大阪大学, 蛋白質研究所, 助教授 (60273710)
キーワード	大腸菌 / 高度好熱菌HB8 / RNAポリメラーゼ / アルファサブユニット / C末端ドメイン / N末端ドメイン / シグマサブユニット / ベータサブユニット
研究概要	(1)大腸菌RNAポリメラーゼのαサブユニットのC末端ドメイン(αCTD)とN末端ドメイン(αNTD)の間に非常に柔軟なリンカー部分が存在することが明らかとなった。 (2)αCTDはAとTに富むUPエレメントと結合する。AAATTTという配列を含むDNAオリゴマーについて調べた結果、特異性は低いが、DNAの副溝側から結合している可能性が高いことがわかった。 (3)αNTDはアミノ酸数235あり、会合しやすい。コール酵素の界面活性剤で可溶化し、αプロトンをD化した試料について、3次元NMRを測定することに成功し、主鎖のアミドプロトンの85%の帰属に成功した。2次構造を決めたところ、3本のαヘリックスと5本と6本のβ鎖から成る2枚のβシートから成ることがわかった。 (4)σ70の領域4部分はプロモーター-35領域に結合する部分として知られている。84残基からなるC末端部位を発現し、陽イオン界面活性剤で可溶化してNMRによって2次構造を決定したところ、4本のαヘリックスからなり、予想されていたヘリックス-ターン-ヘリックスの存在も確認された。 (5)高度好熱菌Thermus thermophilus HB8のα RNAポリメラーゼαサブユニットのC DNAを検索し、オペロンを同定した。前後にリボソームのサブユニットのgene4個を含んでおり、このことはE.coliなどと似ているが、プロモーターが完全には決まっていない。αサブユニット自身はアミノ酸数315と大腸菌のものと比べて16残基程短い。 (6)1342残基より成るβサブユニット(151K)の限定分解を行ったところ、N末端50〜60K、C末端35〜45Kのフラグメントが得られ、α_2β複合体で限定分解すると、βサブユニットの750番目付近でαサブユニットと接触していることがわかった。

研究成果

(7件)

すべてその他

すべて文献書誌 (7件)

[文献書誌] Yamazaki,T., Kyogoku,Y. 他3名: "Aougument of backbone resonances for larger proteins using the ^<13>C-^1H coherence of a ^1H_a-,^2,and ^<15>N-labeled sample" Journal of the American Chemical Society. 119. 872-880 (1997)
[文献書誌] Ozaki,H., Kyogoku,Y. 他3名: "Detection of DNA bending in a DNA-PAPI protein complex of fluorescence resonance energy transfer" Biochemical and Biophysical Research Communication. 231. 553-556 (1997)
[文献書誌] Jpon,Y.H., Yamazaki,T., Kyogoku,Y. 他2名: "Flexible linker in the RNA polymerase alpha sabunit Facilitates the independent motion of the C-terminal activaton contact domain" Journal of Molecular Biology. 267. 953-962 (1997)
[文献書誌] Furui,J., Yamazaki,T., Kyogoku,Y. 他2名: "Solution structures of the IRF-2 DNA binding domain : A novel subgroup of the winged helix-turn-helix family" Structure. (印刷中). (1998)
[文献書誌] Youg,J., Fujita,N. 他4名: "Amino acid nesidues in the alpha-sabunit C terminal domain of E.Coli RNA polymerase involved in activation of thanscription from the mtr promoter" Journal of Bacteriology. 179. 6187-6191 (1997)
[文献書誌] Deoliue,D.N., Fujita,N. 他3名: "Specific fluoresceat labeling of two functional Domains in RNA polymerase alpha sabuuit" Proteins. 30. 183-192 (1998)
[文献書誌] 京極好正, 月原冨武編: "シリーズ・ニューバイオフィジックス(3) 構造生物学とその解析法" 共立出版, 192 (1997)

1997 年度 実績報告書

RNAポリメラーゼの活性化機構の分子論的解析

研究代表者

京極 好正 大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (90012632)

研究成果

[文献書誌] Yamazaki,T., Kyogoku,Y. 他3名: "Aougument of backbone resonances for larger proteins using the ^<13>C-^1H coherence of a ^1H_a-,^2,and ^<15>N-labeled sample" Journal of the American Chemical Society. 119. 872-880 (1997)

[文献書誌] Ozaki,H., Kyogoku,Y. 他3名: "Detection of DNA bending in a DNA-PAPI protein complex of fluorescence resonance energy transfer" Biochemical and Biophysical Research Communication. 231. 553-556 (1997)

[文献書誌] Jpon,Y.H., Yamazaki,T., Kyogoku,Y. 他2名: "Flexible linker in the RNA polymerase alpha sabunit Facilitates the independent motion of the C-terminal activaton contact domain" Journal of Molecular Biology. 267. 953-962 (1997)

[文献書誌] Furui,J., Yamazaki,T., Kyogoku,Y. 他2名: "Solution structures of the IRF-2 DNA binding domain : A novel subgroup of the winged helix-turn-helix family" Structure. (印刷中). (1998)

[文献書誌] Youg,J., Fujita,N. 他4名: "Amino acid nesidues in the alpha-sabunit C terminal domain of E.Coli RNA polymerase involved in activation of thanscription from the mtr promoter" Journal of Bacteriology. 179. 6187-6191 (1997)

[文献書誌] Deoliue,D.N., Fujita,N. 他3名: "Specific fluoresceat labeling of two functional Domains in RNA polymerase alpha sabuuit" Proteins. 30. 183-192 (1998)

[文献書誌] 京極 好正, 月原 冨武 編: "シリーズ・ニューバイオフィジックス(3) 構造生物学とその解析法" 共立出版, 192 (1997)

1997 年度実績報告書

京極好正大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (90012632)

[文献書誌] 京極好正, 月原冨武編: "シリーズ・ニューバイオフィジックス(3) 構造生物学とその解析法" 共立出版, 192 (1997)