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がん細胞における生じる遺伝子異常をゲノム及びトランスクリプトームの両面から包括的に解析を進めてきた。ゲノム解析においては、胃癌において3カ所の染色体ホモ欠失領域を同定し、新規遺伝子ZAP1の単離を行い、機能解析を進めている。トランスクリプトーム解析については、オリゴヌクレオチドアレイ(GeneChip Affymetrix社)による遺伝子発現レベルの解析を進めてきた。第一に、SAGE(Serial Analysis of Gene Expression)法との比較によりオリゴヌクレオチドアレイ法の定量性を検討した。SAGE法はcDNA由来の10塩基のタグの出現頻度を数えることにより、遺伝子の発現レベルを定量的に解析することができる。GeneChip法の発現強度とSAGE法の出現頻度との比較を行ったところ、大変よい相関が得られた。オリゴヌクレオチドチップ解析においては、対照検体なしに発現レベルをモニタリングできるので、組織間の発現量を比較しやすいと考えられる。
さらに、遺伝子発現の組織特異性については、GeneChipデータとともにSAGEデータを統合することにより、遺伝子毎に種々の細胞や臓器での発現レベルが一覧できるようなデータベースを構築中である。現在、がん細胞及び癌組織を用いてのGeneChip解析に着手しており、既知の遺伝子6800を対象として肝細胞癌において癌特異的な発現が誘導される遺伝子群として抽出される4つの遺伝子のうち1つはAFP遺伝子であり、正常肝及び他の組織では発現がなく肝細胞癌で数十倍の発現増加を示しており、腫瘍マーカーとして理想的な発現プロファイルを示していることが示された。他の3つについて詳細な検討を進めている。
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