疾患モデルラットの原因遺伝子同定のためのゲノム解析システムの開発

1997 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 09558105
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 芹川 忠夫 京都大学, 医学研究科, 教授 (30025655)
• 研究分担者: 北田 一博 京都大学, 医学研究科, 助手 (70263093) ; 江島 洋介 京都大学, 放射線生物研究センター, 助教授 (50127057)
• キーワード: ラット / マイクロサテライト / 遺伝多型マーカー / 遺伝子連鎖地図 / 比較遺伝子地図 / 疾患モデル / ミュータント / ゲノム

研究概要

1)ラット染色体バンドパターンに対する位置情報を与えられた遺伝子連鎖地図を作製するために、主にラットゲノムのコスミドクローンを出発として、直接Rバンド染色FISHによる染色体上のマッピングとマイクロサテライト多型マーカーによる連鎖地図上でのマッピングを行った。両者の方法でマッピングされたアンカーとなるマーカーが、各染色体の末端部に置かれるように選ばれた結果、すべての染色体の連鎖地図の方向性と包括範囲が決定された。
2)放射線により切断されたラット染色体断片の供与細胞として近交系ラットWTCの脾細胞を、また受容細胞としてマウスA9細胞(6-thioguanine耐性、HAT感受性)を選択して細胞融合を行った。本年度においては、適切な放射線量を決定する目的で予備実験(Orad、1000rad、3000rad)を行い、3000radの線量を採用することに決定した。現在、この線量によるradiation hybrid cloneが100クローン以上得られており、すでに連鎖地図上にマッピングされているマーカーを用いて、ラット第3染色体のフレームワークマップを作成している。
3)マウスの連鎖地図を骨格としたラット、マウス、ヒト間の比較遺伝子地図を整備するために、データベースからマウスとラットの両方において共に相同遺伝子のマッピングされているものを取り上げた。また、ヒトの相同遺伝子もこれに統合した。その結果、マウスゲノム領域においてラットの相同領域が不明な箇所が明らかになった。そこで、この部位について、未だマッピングされていない29個のラット遺伝子を取り上げ、これらの染色体当てはめを行った。その結果、ラット マウス間の保存ゲノム領域はマウスの連鎖地図上で847cM(全体の53%に相当)に拡充された。

研究成果

• [文献書誌] Nabika,T.et al.: "Comparative mapping of novel simple sequence repeat markers in a hypertension -related region on rat chromosome 1." Mammalian Genome. 8(3). 215-217 (1997)
• [文献書誌] Kondo,Y.et al.: "Application of mouse microsatellite markers to rat genome mapping" Transplantation Proceedings. 27. 1766-1767 (1997)
• [文献書誌] Yokoi,N.et al.: "A non-MHC locus essential for autoimmune type 1 diabetes in the Komeda diabetes-prone rat." J.Clin.Invest.100(8). 2015-2021 (1997)
• [文献書誌] Serikawa,T.et al.: "A comparative genetic map of rat,mouse and human genomes." Exp.Anim.47(1). 1-9 (1998)
• [文献書誌] Andoh,Y.et al.: "Correlation between genetic and cytogenetic maps of the rat." Mammalian Genome. (in press). (1998)
• [文献書誌] Cui,Z.et al.N.: "Extension of conserved regions in the rat and mouse genomes by chromosomal assignments of 29 rat genes." Experimental Animals. (in press). (1998)