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HepSS-1により認識されるヘパラン硫酸プロテオグリカンを精製するため、IDPNを投与しスフェロイドを形成させたWistarラット30匹の脊髄をトリス塩酸緩衝液を用いてホモジネートし超遠心した。この沈査を8M尿素溶液でホモジネートし、8M尿素可溶性画分を回収した。この画分をSDS-PAGEし、Western blotにて検討した結果、HepSS-1に認識される約14.4kDaの細いバンドと、60〜100kDaの間に2本の太いバンドが認められた。2本の太いバンドはHepSS-1を反応させなくてもバンドが出現したので、非特異的なバンドと判断した。それに対して、14.4kDaバンドはHepSS-1の除去により完全にバンドは消失したので、HepSS-1が認識する特異的バンドと判断した。同様に、低分子ニューロフィラメント・トリプレットを認識する抗体で検討した結果、14.4kDaバンドとは異なった位置に陽性バンドが出現した。従って、Hepss-1が認識する物質はニューロフィラメントではないと判断した。
上記の8M尿素可溶性画分をゲル濾過クロマトグラフィー及びイオン交換クロマトグラフィーを行って検討したが、クロマトグラフィーの各種条件設定が困難であったため、2次元電気泳動にて精製する方向に切り換えた。
この間、ヒト脊髄凍結組織が入手できたので、IDPN投与ラットと同様の検索を行い、同様の結果を得た。従って、現在、ヒト脊髄(正常及びALS症例)を用いて2次元電気泳動により精製を行っている。
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