平成9年度はペプチド合成機を用いてペプチドライブラリーを固相担体上での作成を検討した。各ペプチドのN末端に光クロスリンク基(例ではアリールアジド)を導入し、固相担体から切り出す(step 1)。光クロスリンク基は、後でDNAとオリゴペプチドを切り離せるように細工しておく(例えば、Cbz型のカルバメートを形成し、加水素分解する)。ターゲットとするDNA(最初はオリゴマーを使う)と混合し、光照射する(step 2)。DNAに強く結合していたオリゴペプチドはこの操作によりDNAに共有結合で固定される。DNAをエタノール沈殿により回収し、非結合オリゴペプチドを除去する(step 3)。得られた「オリゴペプチド-DNA複合体」を予め設定した化学反応(例では加水素分解)を用いて、光クロスリンク基とオリゴペプチドのN末端の間で切断する(波線部分)(step 4)。再度エタノール沈殿を行い、遊離したオリゴペプチドを回収する。HPLCで精製後、オリゴペプチドを分析、再合成し、DNAとの結合を確認する。本実験工程を検証しているが、DNAに強く結合するポジティブコントロールが無いために、実験の結果を正確に評価する方法が無く、実験方法を再検討している。平成10年度は方法論を確立する事を目指す。
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