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2009 年度 実績報告書

局在スピンを持つ金属酵素活性中心とその模倣錯体の反応機構に関する理論的研究

研究課題

研究課題/領域番号 09J01376
研究機関大阪大学

研究代表者

齋藤 徹  大阪大学, 理学研究科, 特別研究員(DC1)

キーワード局在スピン / 化学反応 / スピン混入 / 非制限計算法 / 近似スピン射影構造最適化法 / 金属酵素活性中心 / 一重項酸素 / 密度汎関数法
研究概要

本研究では局在スピンを含む系での化学反応を理論計算から予測できるような手法の開発を行い,金属酵素などの実在系への適用を目指している。本年度は銅二核を有するヘモシアニンの活性中心及び鉄-核を含むミオグロビン活性中心を取り上げ,理論上問題となるスピン混入誤差とハイブリッドDFTの交換-相関汎関数との関係を明らかにした。これによって反応座標や酸素分子との結合エネルギーをさらに精度良く求めることが可能となった。
次にラジカル種のような不安定分子系(局在スピン系)の化学反応を解明するにあたり、遷移状態の構造決定に必要なエネルギーの2次微分(Hessian)からスピン混入誤差を取り除いて求める新規理論の開発・プログラムの作成を行った。まず不安定分子として最も単純なメチレン分子の変角振動数,伸縮振動数を求め,開発した手法(AP-opt法)で用いた近似の妥当性を検証した。その結果,変角振動数に対するスピン混入誤差がUHFで217cm^<-1>,UB3LYPで183cm^<-1>とかなり大きいことがわかり,既存の方法に比べて信頼できる結果を与えることを示した。次にラジカル中間体を経る化学反応であるエチレンと一重項酸素による[2+2]シクロ環化反応についてこの手法を適用し,遷移状態の構造及びエネルギーに対してもスピン混入が影響することを示した。具体的にUB3LYP法で計算した補正前後における活性化エネルギーを比較すると24.0kcal/molと17.6kcal/molとスピン混入誤差が6.4kcal/mol含まれていることを定量的に不した。補正後の値は閉殻分子系のベンチマーク計算から見積もられる16.8kcal/molと良く一致しており,スピン混入誤差をエネルギー及び構造から除くことによって初めて不安定分子系の反応を議論できることを明らかにした。

  • 研究成果

    (20件)

すべて 2010 2009

すべて 雑誌論文 (15件) (うち査読あり 15件) 学会発表 (5件)

  • [雑誌論文] Which hybrid GGA DFT is suitable for Cu_2O_2 systems if the spin contamination error is removed?2010

    • 著者名/発表者名
      T.Saito, Y.Kataoka, Y.Nakanishi, T.Matsui, Y.Kitagawa, T.Kawakami, M.Okumura, K.Yamaguchi
    • 雑誌名

      Chemical Physics 368

      ページ: 1-6

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical studies on chemical bonding between Cu(II)and oxygen molecule in type 3 copper proteins2009

    • 著者名/発表者名
      T.Saito, Y.Kataoka, Y.Nakanishi, T.Matsui, Y.Kitagawa, T.Kawakami, M.Okumura, K.Yamaguchi
    • 雑誌名

      International Journal of Quantum Chemistry 109

      ページ: 3649-2658

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Transition state optimization based on approximate spin-projection(AP)method2009

    • 著者名/発表者名
      T.Saito, S.Nishihara, Y.Kataoka, Y.Nakanishi, T.Matsui, Y.Kitagawa, T.Kawakami, M.Okumura, K.Yamaguchi
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters 483

      ページ: 168-171

    • 査読あり
  • [雑誌論文] BS DFT and BS HDFT studies of Cr-Cr sextuple bond from the viewpoint of electron correlation effects2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Kitagawa, Y.Nakanishi, T.Saito, T.Kawakami, M.Okumura, K.Yamaguchi
    • 雑誌名

      International Journal of Quantum Chemistry 109

      ページ: 3315-3324

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical investigation of the interaction between oxygen molecules and small Au clusters using approximately spin-projected geometry optimization(AP-opt)method2009

    • 著者名/発表者名
      M.Okumura, Y.Kitagawa, H.Yabushita, T.Saito, T.Kawakami
    • 雑誌名

      Catalysis Today 143

      ページ: 282-285

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical studies on magnetic interactions between Cu(II)ions in salen nucleobases2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Nakanishi, Y.Kitagawa, Y.Shigeta, T.Saito, T.Matsui, H.Miyachi, T.Kawakami, M.Okumura, K.Yamaguchi
    • 雑誌名

      Polyhedron 28

      ページ: 1714-1717

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical studies on magnetic interactions between Cu(II)ions in hydroxypyridone nucleobases2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Nakanishi, Y.Kitagawa, Y.Shigeta, T.Saito, T.Matsui, H.Miyachi, T.Kawakami, M.Okumura, K.Yamaguchi
    • 雑誌名

      Polyhedron 28

      ページ: 1945-1949

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical studies on electronic structures and magnetic interactions of K_4[Pt_2(pop)_4X]・2H_2O(X=Cl, Br)complexes2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Kitagawa, M.Ito, Y.Nakanishi, T.Saito, S.Yamada, T.Kawakami, M.Okumura, K.Yamaguchi
    • 雑誌名

      Polyhedron 28

      ページ: 1668-1671

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical studies of magnetic interaction between C_<60> anion radicals2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Kitagawa, Y.Nakanishi, T.Saito, K.Koizumi, M.Shoji, S.Yamada, T.Kawakami, M.Okumura, K.Yamaguchi
    • 雑誌名

      Polyhedron 28

      ページ: 1750-1753

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theory of Chemical Bonds in Metalloenzymes XIII. Singlet and Triplet Diradical Mechanisms of Hydroxylations with Iron-Oxo Species and P450 Are Revisited2009

    • 著者名/発表者名
      K.Yamaguchi, S.Yamanaka, H.Isobe, M.Shoji, T.Saito, Y.Kitagawa, M.Okumura, J.Shimada
    • 雑誌名

      International Journal of Quantum Chemistry 109

      ページ: 3723-3744

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Extended Hartree-Fock Theory of Chemical Reactions IX.Diradical and perepoxide mechanisms for oxygenations of ethylene with molecular oxygen and iron-oxo species are revisited2009

    • 著者名/発表者名
      K.Yamaguchi, S.Yamanaka, J.Shimada, H.Isobe, T.Saito, M.Shoji, Y.Kitagawa, M.Okumura
    • 雑誌名

      International Journal of Quantum Chemistry 109

      ページ: 3745-3766

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Estimation of effective exchange integral value of polyradical systems based on the band calculation2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Nakanishi, Y.Kitagawa, T.Saito, Y.Kataoka, T.Matsui, T.Kawakami, M.Okumura, K.Yamaguchi
    • 雑誌名

      International Journal of Quantum Chemistry 109

      ページ: 3632-3640

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Approximately Spin Projected Hessian for Broken Symmetry Method and Stretching Frequencies of F_2 and Singlet O_22009

    • 著者名/発表者名
      Y.Kitagawa, T.Saito Y.Nakanishi, Y.Kataoka, T.Matsui, T.Kawakami, M.Okumura, K.Yamaguchi
    • 雑誌名

      International Journal of Quantum Chemistry 109

      ページ: 3641-3648

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Spin Contamination Error in Optimized Geometry of Singlet Carbene(^1A_1)by Broken-Symmetry Method2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Kitagawa, T.Saito, Y.Nakanishi, Y.Kataoka, T.Matsui, T.Kawakami, M.Okumura, K.Yamaguchi
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry A 113

      ページ: 15041-15046

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Symmetry and Broken-Symmetry in Molecular Orbital Descriptions of Unstable Molecules. 3. The Nature of Chemical Bonds of Spin Frustrated Systems2009

    • 著者名/発表者名
      T.Kawakami, R.Takeda, S.Nishihara, T.Saito, M.Shoji, S.Yamada, S.Yamanaka, Y.Kitagawa, M.Okumura, K.Yamaguchi
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry A 113

      ページ: 15281-15297

    • 査読あり
  • [学会発表] Theory of Chemical Bonds in Metalloenzymes IV. Local Singlet and Local Triplet Diradical Mechanisms of Hydroxylation of Methane with Methane Monooxygenase and Related Species2010

    • 著者名/発表者名
      齋藤徹
    • 学会等名
      50^<th> Sanibel Symposium
    • 発表場所
      Georgia, USA
    • 年月日
      2010-02-26
  • [学会発表] チロシナーゼと基質との結合状態に関する理論的研究2009

    • 著者名/発表者名
      齋藤徹
    • 学会等名
      第59回 錯体化学討論会
    • 発表場所
      長崎大学
    • 年月日
      2009-09-26
  • [学会発表] BS計算による遷移状態の計算とその補正2009

    • 著者名/発表者名
      齋藤徹
    • 学会等名
      第3回 分子科学討論会
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 年月日
      2009-09-22
  • [学会発表] Theoretical studies on the effect of p-p stacking on the Cu_2O_2 core in the active site of oxyhemocyanin2009

    • 著者名/発表者名
      齋藤徹
    • 学会等名
      13^<th> Intern.Conf.on the Applic.of Density Functional Theory in Chemistry and Physics, DFT09
    • 発表場所
      Lyon, France
    • 年月日
      2009-09-01
  • [学会発表] BS計算によるCH_2のS-Tgapに関する理論的研究2009

    • 著者名/発表者名
      齋藤徹
    • 学会等名
      第12回 理論化学討論会
    • 発表場所
      東京大学
    • 年月日
      2009-05-29

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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