塩基配列データベースをはじめとする生物学データベースの構築と利用に関する研究

1998 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 10041187
• 研究種目: 国際学術研究
• 応募区分: 学術調査
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 五條堀 孝 国立遺伝学研究所, 生命情報センター, 教授 (50162136)
• 研究分担者: 池尾 一穂 国立遺伝学研究所, 生命情報センター, 助手 (20249949) ; 斎藤 成也 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教授 (30192587) ; 菅原 秀明 国立遺伝学研究所, 生命情報センター, 教授 (80231372) ; 西川 建 国立遺伝学研究所, 生命情報センター, 教授 (10093288) ; 舘野 義男 国立遺伝学研究所, 生命情報センター, 教授 (00202424)
• キーワード: データベース / DNA / タンパク質 / DDBJ / Gen Bank / 生命情報学 / EMBL

研究概要

1. DNAデータベース国際共同構築を円滑に押し進めるため,以下のとおりNCBIとEBIにおいてDNAデータベース構築の実態調査と国際会議に出席し発表を行った。
(1)小林、太田、宮崎、池尾が5月にEBIにおいて国際実務者会議,国際諮問委員会に出席し発表した。
(2)五條堀が10月にEBIにてデータベース構築・運営に関する実態調査を行った。(3)舘野が10月にNCBIにてデータベース構築・運営に関する実態調査を行った。
2. 欧米における様々な生物学データベース構築と利用に関する実体調査を以下のとおり行った。
(1)5月と3月に池尾がバーゼル大学(スイス)へ。(2)6月に斎藤がブリティッシュコロンビア大学(カナダ)とワシントン大学(米国)へ,(3)6月に五條堀がコロンビア大学(米国),11月にナポリ大学(イタリア)へ,(4)12月に太田がカリフォルニア大学(米国)へ,(5)12月に菅原がAmerican Type Culture Co11ection(米国),2月にローレンス・リバモア国立研究所(米国)へ,(6)1月に宮崎がハワイ大学(米国),3月にミシガン州立大学(米国)へ。
3. 近年生命情報科学の研究がさかんに行われて来ている非欧米地域における生物学データベース構築と利用に関する実体調査を以下のとおり行った。
(1)8月に西川がロシア科学アカデミー細胞遺伝学研究所(ロシア),10月に北京大学(中国)へ,(2)1月に五條堀がサンホセ大学(コスタリカ)へ,2月に中国科学院遺伝研究所及び昆明動物研究所(中国)へ,(3)2月に舘野が中国科学院生物学研究所(中国)へ,(4)3月に斎藤が中国科学院微生物研究所(中国)へ。

研究成果

• [文献書誌] Sugawara H.: "DNA Data Bank of Japan dealing with large-scale data submission" Nocl. Acids.Res.27. 25-28 (1999)
• [文献書誌] Fukami-Kobayashi K.: "Domain Dislocation : A Change of Core Structure in Periplasmic Binding Proteins in their Evolutionary History" Journal of Molecular Biology. 286. 279-290 (1999)
• [文献書誌] Kawabata T.: "The Protein Mutant Database" Nucleic Acids Pesearch. 27・1. 355-357 (1999)
• [文献書誌] Yamazaki M.: "Genomic organization around the centromeric end of the HLA class I region : Large-scale sequence analysis" Journal of Molecular Evolution. in press.
• [文献書誌] Ota M.: "Feasibility in the inverse protein folding protocol" Protein Science. in press.
• [文献書誌] OOta S.: "Phylogenetic relationship of muscle tissues deduced from superimposition of gene trees" Molecular Biology and Evolution. in press.
• [文献書誌] Nakamura Y.: "Codon usage tabulated from the international DNA sequence databases" Nucleic Acids Res.26. 334 (1998)
• [文献書誌] G.Perriere: "The non-redundant Bacillus subtilis (NRSub), database update 1998" Nucl.Acids Res.26. 60-62 (1998)
• [文献書誌] Tateno Y.: "DNA Data Bank of Japan at work on genome sequence data" Nucleic Acids Research. 26. 16-20 (1998)
• [文献書誌] Okayama T.: "Formal design and implementation of an improved DDBJ DNA database with a new schema and object-oriented library." Bioinformatics. 14. 472-478 (1998)
• [文献書誌] Satou K.: "Analysis of HIV by Entropy evolution tate" Amino Acids. 14. 343-352 (1998)
• [文献書誌] 菅原秀明: "国際DNA配列データベース" 実験医学. 16・1. 30-37 (1998)
• [文献書誌] 森浩禎: "大腸菌ゲノム" 蛋白質核酸酵素. 43. 1381-1387 (1998)
• [文献書誌] 斎藤成也: "近隣結合法と最大節約法" 宮田隆編,「分子進化-解析の技法とその応用-」共立出版. 54-63 (1998)
• [文献書誌] OOta S.: "Three Tree : A new method to reconstruct phylogenetic trees" Genome Informatics 1998,Universal Academy Press, Tokyo. 340-341 (1998)