塩基配列データベースをはじめとする生物学データベースの構築と利用に関する研究

2000 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 10041187
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 五條掘 孝 国立遺伝学研究所, 生命情報センター, 教授 (50162136)
• 研究分担者: 菅原 秀明 国立遺伝学研究所, 生命情報センター, 教授 (80231372) ; 西川 建 国立遺伝学研究所, 生命情報センター, 教授 (10093288) ; 舘野 義男 国立遺伝学研究所, 生命情報センター, 教授 (00202424) ; 池尾 一穂 国立遺伝学研究所, 生命情報センター, 助手 (20249949) ; 斎藤 成也 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教授 (30192587)
• キーワード: DDBJ / 分子進化 / DNA / データベース

研究概要

本研究グループは、上記課題において以下の活動を行った。
1.DNAデータベース国際共同構築を円滑に押し進めるため、以下の通りNCBIとEBIにおいてDNAデータベース構築の実態調査と国際会議に出席し発表を行った。舘野、宮崎が5月にNCBIにおいて国際実務者会議、国際諮問委員会に出席し発表した。
2.欧米における様々な生物学データベース構築と利用に関する実態調査と国際会議に出席し発表を以下のとおり行った。
(1)4月に五條堀、池尾がWorkshop"Molecular Evoluiton and Genomics course"に出席、五條堀は講演発表(2)5月に池尾がLaboratoire de Cancerologe(フランス)へ。(3)6月に斎藤がデュッセルドルフ大学、ビーレフェルト大学(ドイツ)、ポンペファブラ大学(スペイン)、パーパン病院(フランス)、コロンビア大学,イエール大学(アメリカ)にて調査研究。(4)7月に五條堀がコロンビア大学(米国)へ。(5)9月に今西が12th International Genome Sequencing and Analysis Conferenceにて発表。菅原がGBIF会議参加(米国)。(6)10月に池尾が10th Annual Workshop"Beyond the Identification of Transcribed Sequences:Functional and Expreassion Analysis"に参加(独国)(7)11月に池尾がナポリ臨海実験所へ(イタリア)。(8)3月に小林がCenters for Disease Control and Prevention,Florida University(米国)へ
3.近年生命情報科学の研究が盛んに行われてきている非欧米地域における生物学データベース構築と利用に関する実態調査を以下の通り行った。(1)7月に舘野が上海血液学研究所へ。宮崎が第9回国際菌株保存機関連盟集会に出席(オーストラリア)(2)8月に西川がAsia-Pacific Advanced Network会議に出席(中国)(3)1月に舘野が国際分子進化学界(コスタリカ)へ。(4)3月に舘野が、シンガポール国立大学、中国科学院上海研究所へ。菅原がBIOTEC(Thailand)へ斎藤が中国科学院遺伝研究所(北京)へ

研究成果

• [文献書誌] Eric S,Lander: "Initial sequencing and analysis of the human genome"Nature. 409・6822. 860-921 (2001)
• [文献書誌] Okazaki,Y.: "Functional anotation of a full-length mouse cDNA collection"Nature. 409・6821. 685-690 (2001)
• [文献書誌] Goto,K.: "Genome Information Broker for Data Retrieval and Comparative Analysis of Microbial Genomes"Journal of Japan Society of Information and Knowledge. 10・4. 4-13 (2001)
• [文献書誌] Tateno,Y.: "DNA Data Bank of Japan in collaboration with mass sequencing teams"Nucleic Acids Res. 28. 24-26 (2000)
• [文献書誌] Y.Isogai,A.: "Redesign of artificial globins : effects of residue replacements at hydrophobic sites on the structural properties"Biochemistry. 39. 5683-5690 (2000)
• [文献書誌] Kikuchi M.: "CAMUS DB : Development of structural database for homology search"Currents in Computational Molecular Biology In Miyano S.,Shamir R.,and Takagi T.(eds.). 80-81 (2000)