一塩基多型を利用した癌抑制遺伝子異常のDNA診断

1998 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 10153245
• 研究機関: 九州大学
• 研究代表者: 林 建志 九州大学, 遺伝情報実験施設, 教授 (00019671)
• キーワード: SNP / LOH / PLACE-SSCP法 / 癌抑制遺伝子 / ATM

研究概要

癌の発生、進行過程に起きる遺伝子構造変化、特に癌抑制遺伝子の機能喪失を網羅的に明らかにすることが、癌の診断、予後に重要である。本研究では、個々の癌組織に起きた多数の癌抑制遺伝子の構造異常、機能喪失を効率良く検出するために、それぞれの遺伝子領域に存在する複数の一塩基多型(single nucleotide polymorphism,SNP)を収集し、これをヘテロ体喪失(loss of heterozygosity,LOH)の検出に用いる実験系を確立することを目的とする。SNPの収集および検定には、非常に多数のPCR産物の分析が必要なので、極めて効率のよい多型検出技術が不可欠である。また、検査対象となるがん組織には正常組織の混入が避けられないので、LOHでのアレルの喪失は100%ではない。従ってLOHの同定にはアレルの定量的検出が要求される。そこで本研究では、これらの要求を満たすPLACE-SSCP法を開発し、これによって高精度、高効率で多数の座位のアレルを定量する方法を確立した。PLACE-SSCP法とは、PCR産物を単純操作のみで蛍光標識し、これを自動化キャピラリー電気泳動装置によってのSSCP分析するものであり、一貫変異配列検出システムとして高度に自動化、客観化されたシステムである。またこれによるアレル定量の精度は数%以下である。更に日本人40人、欧米人78人のDNAをそれぞれ混合し、これをPLACE-SSCP法によって分析することによりそれぞれの人種で高頻度に多型を示すSNPを多数同定し、また、人種間での多型頻度の差を明らかにした。一方、がん抑制遺伝子の一種である巨大遺伝子ATMの、アタキシア患者での突然変異を多数同定し、この遺伝子内の多数のSNPを発見した。

研究成果

• [文献書誌] Antonarakis,S.: "“Recommendations for a Nomenclature System for Human Gene Mutations"" Human Mutation. 11. 1-3 (1998)
• [文献書誌] Konomoto,T.: "“Leiomyosarkoma in soft tissue:Examination of p53 status and cell proliferating factors in different locations"" Human Pathology. 29. 74-81 (1998)
• [文献書誌] Hayashi,K.: "“Single strand conformationpolymorphism analysis"" “Mutation Detection:A Practical Approach". 7-24 (1998)
• [文献書誌] Horiuchi,T.: "“A non-sense mutation at Arg95 is predominant in complement 9 deficiency in Japanese"" The Journal of Immunology. 160. 1509-0513 (1998)
• [文献書誌] Myers,R.M.: "“Detection of Mutations"" Cold Spring Harbor Laboratory Press,. 2. 287-384 (1998)
• [文献書誌] Kukita,Y.: "“Characterization of GALC gene in three Japanese patients with adult-onset Krabbe disease"" Genetic Testing. 1. 217-223 (1998)