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平成13年度は、平成12年度に続き畠跡が発見された八雲町栄浜2遺跡と、平成13年度に畠跡が発見された隣接した栄浜3遺跡、北海道北端の稚内市声問川右岸2遺跡で発見された畠跡の調査を行い、畝断面に切り返しされた痕跡が存在するか否かの観察を行うとともに、花粉分析や浮遊選別用の土壌試料を採取した。
切り返し跡が確認できたのは栄浜3遺跡の畝跡だけで、同遺跡の畝跡では3回の切り返し跡が確認でき、最低でも3年間は耕作が継続されていたことが明らかになっている。他の2遺跡の畝跡では切り返しの痕跡が確認できなかったことから、単年度の耕作が行われただけであったことが明らかになった。
採取した土壌試料からは、野生植物の花粉や種子を検出することが出来たが、栽培種の花粉や種子はまだ発見されていない。
また、石狩低地帯の千歳市内に分布する18世紀以前のアイヌ文化期遺跡の調査を行い、その下位には例外なく擦文文化期の遺物包含層や住居群が存在すること、同遺跡での断絶はみられず、擦文文化がアイヌ文化に移行した様子が伺える。擦文時代の雑穀が出土している同市末広遺跡、ユカンボシC13遺跡、ユカンボシC2遺跡、オサツ2遺跡、メボシ遺跡でも、上位にアイヌ文化期の遺物包含層や住居群が存在し、やはりそこから雑穀種子が出土している。出土した種子をみると、擦文文化の遺構ではアワ、キビが主となった作物コンプレックスが、上位のアイヌ文化期の遺構では、ヒエ、アワが主となった作物コンプレックスが確認でき、擦文文化から雑穀農耕は継続されたものの、主要作物の一つであるキビがヒエに置き操わったことが明らかとなった。
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