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病理標本として集積されているホルマリン固定パラフィン包埋組織からDNAを抽出して、PCRなどの手法により遺伝子異常の検討を行うことは広く行われている。しかしホルマリン固定パラフィン包埋組織から抽出されるDNAは固定や包埋過程のいろいろな影響により収量や長さが一定せず、サザンブロット法による検討を行うことはほとんど不可能で、PCR法による解析においても安定した結果を得ることは難しい。本研究ではホルマリン固定パラフィン包埋組織から、安定して効率よくPCRによる検索が可能な、品質の高いDNAを回収するために、DNA抽出法の改良を目的とした。通常行われているキシレンによる脱パラ、proteinase K消化後、フェノール/クロロフォルムによるDNA抽出法をコントロールとして、脱パラフィンや消化酵素処理の温度を高くした方法、Proteinase K処理前にマイクロウェーブ加温を施した方法、キシレンを用いず、マイクロウェーブ加温によりパラフィンを融解させて脱パラフィンを行う方法を用いて、DNAの収量や長さ、そしてPCRの効率を比較検討した。その結果、キシレンを用いずにマイクロウェーブ加温によって脱パラフィンを行う方法がDNAの収量が多く、PCRの効率も高いことが判明した。この方法を用いて回収したDNAを用いて、PCR-SSCP法やDirect sequence法によってDNAの塩基配列を決定する実験を行ったところ満足のいく結果が得られ、このDNAが種々の遺伝子検索に応用できる質の高いDNAであることも判明した。
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