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ホルマリン固定パラフィン包理組織からDNAを抽出して遺伝子解析を行うことが可能になれば、形態と遺伝子異常の関連を詳細に検討することが可能になる。昨年度の検討でホルマリン固定パラフィン包埋組織からDNAを抽出する際には脱パラフィンや酵素消化の際の温度がDNAの収量やその質に影響を与えることを確認した。そこで本年度は種々の条件の設定をした上で、多数例を用いてDNA抽出のための最良の方法を確立し、その方法でパラフィン包埋組織から抽出されたDNAの質の検定を行った。材料としてはヒト正常組織および腫瘍組織を用いた。通常行われているキシレンによる脱パラ、proteinase K消化後、フェノール/クロロフォルムによるDNA抽出法をコントロールとして、脱パラや消化酵素処理の温度を高くした方法、proteinase K処理前にマイクロウェーブ加温を施した方法、キシレンを用いず、マイクロウェーブ加温によりパラフィンを融解させて脱パラを行う方法を用いて、DNAの収量や長さ、そしてPCRの効率を比較検討した。その結果、キシレンを用いずにマイクロウェーブ加温によって脱パラを行う方法がDNAの収量が多く、PCRで増幅できる塩基長も長く、PCRの効率も高いことが判明した。さらにこの方法を用いて回収したDNAを用いてPCR-SSCP法やDirect sequence法によってDNA配列を決定できることも確認し、この方法で抽出されたDNAはいろいろな遺伝子解析に応用できる質の高いDNAであることが判明した。
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