悪性リンパ腫に特異的な1p36染色体転座に関わる遺伝子の解析

1999 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 10670192
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 佐藤 均 東京大学, 医科学研究所, 助手 (70183829)
• キーワード: 1p36転座 / 悪性リンパ腫 / FISH / コスミド / YAC

研究概要

悪性リンパ腫の発症に関わる未知の遺伝子を含むと考えられる1p36領域内に21個のコスミド、5個のP1ファージマーカーをマルチカラーFISH法を用いて整列化し細胞遺伝学レベルの物理的地図を構築した。その配列順序は1pter-D1S1002(cYS142)-D1S1053(cYS1467)-D1Z2-D1S1085(cYS1138)-D1S1013(cYS1299)-D1S1032(cYS1384)-D1S1010(cYS1296)/D1S1047(cYS1429)D1S96-D1S989(cYS1287)/D1S1131(cYS1234)-NPPA-D1S975(cYS1173)-D1S968(cYS1121)-D1S1062(cYS73)-D1S1092(cYS1148)-D1S1130(cYS1232)-D1S1028(cYS1363)-D1S967(cYS1120)-PAX7-D1S1111(cYS1180)-D1S1073(cYS191)-D1S1037(cYS1406)-D1S1112(cYS1181)-D1S1040(cYS144)-D1S112-cen.であった(Satoh etal.,paper in preparation)。このマップをもとに、SCIDマウス内腫瘍細胞株HMS株の1p36転座切断点を同定した。その切断点はD1S96とD1S989(cYS1287)の間に存在し、ALL由来のB細胞株BALL-1とcytogenetic breakpointが一致した(Satoh et al.,paper in preparation)。そこでHMS株の1p36転座切断点を含むゲノム断片を得るために5'側flanking markerであるD1S96P1ファージマーカーをアンカーとするYACクローンを選別する一方で、3'側flanking markerであるD1S989(cYS1287)コスミドマーカー内のユニーク配列をもとにYAC libraryのスクリーニングを行うために、0.3kb BamHI断片のシーケンスを行った。ホモロジー検索の結果、このsequenceの5'側30bpはEST AA650088の3'側30bpと100%塩基配列が一致した。EST配列内にprimerをセットしmicrocell hybridのゲノムDNAを鋳型にしてPCRを施行した結果、このESTが含まれるcDNAは第1染色体上にマップされた。現在は隣接するfragmentの同定を行うとともに、1p36内(約30Mbと推定される)の9.2MbをカバーするCEPHメガYAC8クローンを入手し、これらのクローンが転座点あるいはESTを含むかどうか検討している。

研究成果

• [文献書誌] R. Tanaka: "Intronic U50 small-nucleolar-RNA (snoRNA) host gene of no protein-coding potential is mapped at the chromosome breakpoint t(3;6)(q27;q15) of human B-cell lymphoma"Genes to Cells. 5(in press). (2000)
• [文献書誌] G. Tate: "Assignment of Desert Hedgehog to human chromosome bands 12q12-q13,1 by in situ hybridization"Cytogenet Cell Genet. (in press).
• [文献書誌] F. Nagai: "Assignment of rat estrogen sulfotransferase gene (rEST) to rat chromosome band 14p21,2-p21.3"Cytogenet Cell Genet. (in press).
• [文献書誌] M. Hisaoka: "Retroperitoneal liposarcoma with combined well-differentiated and myxoid malignant fibrous histiocytoma-like myxoid areas"Amer J Sur Pathol. 23. 1480-1492 (1999)
• [文献書誌] H.Satoh: "Assignment of the Madcam1 gene to rat chromosome 7q11.2-q12 by fluorescence in situ hybridization, somatic cell hybrids and linkage analysis."Cytogenet Cell Genet. 86. 223-224 (1999)
• [文献書誌] H. Katano: "Establishing and characterizing a CD30-positive cell line harboring HHV-8 from a primary effusion lymphoma."J Med Virol. 58. 394-401 (1999)
• [文献書誌] Y. Kobayashi: "Analysis of myelodysplastic syndrome clones arising after multiple myeloma : A case study by correlative interphase cytogenetic analysis"Jpn J Clin Oncol. 29. 374-377 (1999)
• [文献書誌] F. Nagai: "Chromosome assignments of rat phenol sulfotransferase ST1A1 and ST1C1 genes (Sult1a1 and Sult1c1) by fluorescence in situ hybridization."Cytogenet Cell Genet. 84. 145-147 (1999)