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MCT118(D1S80)部位の繰り返し配列の一部(配列1:CTT TCC GGT GGT CCT C)に相当するビオチン化PNA(PNA-1)を外注により作製した。配列1の相補鎖の合成も検討したが、G含有率が高いためPNA合成が不可能であった。まず、合成したPNA-1がMCT118部位の配列1にアニールするか否かを検討した。MCT118部位(T24/31型)のPCR産物(20μl)にPNA-1(1μg)を加え、95℃でPCR産物を2本鎖に変性し、65℃でPNA-1をアニールさせた。その後、ストレプトアビジンコート磁気ビーズ(20μl)を加え室温で3時間反応し、マグネットにより磁気ビーズを回収した。回収されたビーズをTris-HClバッファー(pH8.0)で3回洗浄後、95℃でPNAとDNAを解離させ、解離したDNAをTEバッファー10μlに溶解し、4%ポリアクリルアミド電気泳動した。PNA/磁気ビーズ処理後のものはT31alleleのバンドはほとんど消失し、T24alleleのバンド強度は減弱した。このことからPNA/磁気ビーズによるMCT118部位の捕捉は可能であったが、配列1の相補鎖のPNAを合成できなかったため、同部位の完全な捕捉はできなかったものと思われた。次に、血液からフェノール/クロロホルム抽出して得られたDNAにつき、PNA/磁気ビーズによるMCT118部位の位置するDNA部分のみの選択的単離を試みた。T24/31型のDNA50ngにつき、上記のごとくPNA-1を加え反応後、マグネットにより磁気ビーズを回収し、得られたDNA溶液5μlについてMCT118部位のPCRを行った。しかしPCR産物はほとんど得られず、genomeからのMCT118部位の位置するDNA部分のみの選択的単離は困難であった。現在さらに反応条件の検討を行っている。
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