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2011 年度 実績報告書

生体分子ナノ組織体の構築と機能発現

研究課題

研究課題/領域番号 10J00436
研究機関京都大学

研究代表者

勝田 陽介  京都大学, 理学研究科, 特別研究員(DC2)

キーワードDNAオリガミ法 / 高速原子間力顕微鏡 / DNAメチル化酵素 / DNA修復酵素 / DNA組み換え酵素 / DNAディバイス / DNAモーター / 一分子観察
研究概要

DNAオリガミ法により新たに設計したDNAフレームを用いて、様々な酵素の反応の制御及びその一分子観察を行った。まず、DNAメチル化酵素がDNA鎖を折り曲げることに着目し、異なるテンションのDNA鎖をDNAフレームに導入するこ、とで、DNAのメチル化反応が基質となるDNAの張力に依存していることを実験的に示すことに成功した。さらにDNAの修復酵素についても同様の観察を行い、DNA修復酵素がDNA鎖を修復する過程を動的に捉えることにも成功した。また、グアニンの繰り返し配列がNaイオンやKイオンの存在により、四重鎖構造を形成することを利用して、DNAフレームに導入したDNA鎖そのものの構造変化を動的に捉える検討にも成功した。この構造変化は数nmの範囲で起こっている事象であるため、今までにこのようなスケールの動的観察は報告されておらず、DNAフレームと高速原子間力顕微鏡を組み合わせることの有用性を示す結果となった。
上記結果より、DNAフレームを用いれば、酵素の反応を一分子観察でき、更にはDNA鎖の構造変化を動的に捉えることができるということが明らかになったことから、DNAフレームに異なるtopologyのDNA鎖を導入し、DNA組み換え酵素であるCreの反応機構を詳細に検討した。その結果、Creがどのような過程を経て四量体を形成するかということが明らかなり、現在論文の作成段階にある。
他にも、DNAディバイスとして最近注目されているDNAモーターの動きについてもDNAオリガミ法と高速原子間力顕微鏡を用いることによってその直接観察に成功した。また、DNAモーターにとってレールの役割を果たすstatorに分岐点を設け、シグナルによって最終到着珍点をコントロールする検討に成功し、ナノレベルでのDNAの多様性を多分に示す結果となった。いずれの検討においても蛍光基などによる修飾を一切行わずに直接一分子観察するということを報告したものであり、今までなかった手法であることから非常に意義を持ったものとなった。
研究目的及び研究実施計画においてはDNAを用いて酵素反応の機能評価を行うことを予定しており、複数の酵素評価の検討がいずれも終了していることから順調に研究が進行されたと考えている。

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2012 2011

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (4件)

  • [雑誌論文] Zinc-Finger Proteins for Site-Specific Protein Positioning on DNA-Origami Structures2012

    • 著者名/発表者名
      E.Nakata, FF Liew, C Uwatoko, S Kiyonaka, Y Mori, Y Katsuda, M Endo, H Sugiyama, T Morii
    • 雑誌名

      Angew Chem Int Ed

      巻: 51 ページ: 2421-2424

    • DOI

      10.1002/anie.201108199

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A DNA-based molecular motor that can navigate a network of tracks2012

    • 著者名/発表者名
      S Wickham, J Bath, Y Katsuda, M Endo, K Hidaka, H Sugiyama, AJ Turberfield
    • 雑誌名

      Nature Nanotech

      巻: 7 ページ: 169-173

    • DOI

      10.1038/nnano.2011.253

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Photo-cross-linking-assisted thermal stability of DNA origami structures and its application for higher-temperature self-assembly2011

    • 著者名/発表者名
      A.Rajendran, M.Endo, Y.Eatsuda, K.Hidaka, H.Sugiyama
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc.

      巻: 133 ページ: 14488-91

    • DOI

      10.1021/ja204546h

    • 査読あり
  • [学会発表] DNAナノ構造体を用いたDNA組み換え酵素Cre反応機構の検討2012

    • 著者名/発表者名
      勝田陽介
    • 学会等名
      第92回日本化学会春季年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2012-03-28
  • [学会発表] Regulation of Cre recombinase in a defined DNA nanostructure2011

    • 著者名/発表者名
      勝田陽介
    • 学会等名
      第5回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      筑波
    • 年月日
      2011-09-13
  • [学会発表] ナノ構造体によるDNA組み換え酵素Creの反応制御及び一分子観察2011

    • 著者名/発表者名
      勝田陽介
    • 学会等名
      生体機能関連化学部会若手の会第23回サマースクール
    • 発表場所
      広島
    • 年月日
      2011-07-22
  • [学会発表] Direct observation of the movement of DNA modifying enzymes in the DNA nanostructure2011

    • 著者名/発表者名
      Yousuke Katsuda
    • 学会等名
      8th Annual Conference Foundations of Nanoscience
    • 発表場所
      アメリカ合衆国・ソルトレイクシティ
    • 年月日
      2011-04-13

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公開日: 2013-06-26  

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