| 研究課題/領域番号 |
11236203
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
三谷 啓志 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (70181922)
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| 研究分担者 |
三田 和英 独立行政法人農業生物資源研究所, 上席研究官研究員 (30159165)
成瀬 清 東京大学, 大学院・理学系研究科, 助手 (50208089)
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| キーワード | メダカ / ゲノム / cDNA / 遺伝子地図 / シーケンス / データーベース / マッピング / 魚類 |
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| 研究概要 |
メダカのcDNAライブラリーから約8000クローンの塩基配列を決定した。それらをクラスター処理した結果、約4000の独立なクラスターに分類された。Blastにより脊椎動物の既知遺伝子との相同性を検索し、高い相同性を示したクローンについて、配列を元に連鎖解析のためのプライマーを設計し、約600のESTマーカーをPCR-RFLPにより既存の連鎖地図上に新たに加えることができた。その結果、ゼブラフィッシュと同程度のヒトとのシンテニー関係がメダカでも確認された。また、ゼブラフィッシュとメダカで、ヒトとのシンテニー関係が広範囲で似ている連鎖群が認められた。例えば、HoxAクラスターのあるメダカ連鎖群の11・16には、同じHoxAクラスターのあるゼブラフイッシュの連鎖群19・16と同様にヒト1・6・7・8番染色体上の遺伝子が多く存在している。このような関係は多くの連鎖群間で認められたが、逆にゼブラフィッシュとヒトとでシンテニーが保存されている遺伝子群がメダカでは、別の連鎖群に分散する例も多く認められた。これらのデーターは、M baseとしてweb上で公開されている。さらにこれまでの雄パネル由来の遺伝子地図データーに対応して雌パネルからのデーター収集を開始した。その結果ゲノム全体にわたって雌雄の連鎖距離の比較が可熊となった。これらのデーター蓄積は、脊椎動物の染色体進化の様相を知る有用な手がかりとなる、一方、メダカ突然変異体の原因遺伝子のポジショナルクローニングに際して、シンテニー関係から候補遺伝子を想定するアプローチの成功例を得た。
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