メダカゲノムBACライブラリーの構築

1999 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 11236209
• 研究種目: 特定領域研究(B)
• 研究機関: 慶應義塾大学
• 研究代表者: 浅川 修一 慶応義塾大学, 医学部, 助手 (30231872)
• キーワード: メダカ / BAC / HNI / ケツムライブラリー / pBAC-Lac / STS / EST / GSS

研究概要

メダカゲノムBACライブラリーの構築を進めた。北日本由来の近交系HNIの尾ヒレより樹立した培養細胞HNI41を出発材料に用いることにより、BACライブラリーの作製に必須である良質の高分子DNAを調整する系を確立した。調整したDNAを制限酵素で限定分解後、150kb-200kb のサイズ領域を分画し、BACベクター(pBAC-Lac)と連結、大腸菌DH10B株に導入した。現在すでに平均160kbのインサートサイズをもつクローンを9万6千個収集し、384穴プレート250枚に個別の保存した。メダカゲノムは約800Mbと推定されるので、約20ゲノムをカバーした。また1万9000クローンをブロットした高密度レプリカ(HDR)に対していくつかマーカーでスクリーニングを行ったところ、予想される数のクローンが得られたことから、ライブラリーの質が高いことが確認できた。現在、作製したBACを個別クローンまで同定するためにPCRスクリーニングミックスの調製、コロニーハイブリダイゼーションのためのHDRフィルターの大量生産を進めている。また作製したBACクローンの末端シーケンスを大量に行い、STSとして登録するための予備的な実験を行っている。今後これらのBAC末端STS(GSS)とともに領域内で蓄積されるEST、多型マーカーの情報と共にデータベース化して、DH法によりメダカゲノム物理地図作製の進展させる予定である。

研究成果

• [文献書誌] Suzuki K.: "Construction and evaluation of a porcine bacterial artificial library"Anim. Genet.. 31. 8-12 (2000)
• [文献書誌] Dunham I.: "The DNA sequence of human chromosome 22"Nature. 402. 489-501 (1999)
• [文献書誌] Ozaki H.: "Structure and chromosome mapping of the human SLX4 and murine Six4 genes"Cytogenet All Genet.. 87. 108-112 (1999)
• [文献書誌] Gomyo H.: "A 2Mb sequence-ready config map and a novel immunogloblin superfamily gene IGSF4 in the LOH region of chromosome 11823.2"Genomics. 62. 139-146 (1999)
• [文献書誌] Yanauchi T.: "Assignment of the human poly(A) polymerase (PAP) gene to chromosome 14832.1 - 832.2 and isolation of a polymorphic CA reaeat sequence"J. Hum. Genet.. 44. 253-255 (1999)
• [文献書誌] Wu C.: "Construction and charactrization of bacterial artificial chromosome libraries from silkworm Bombyx mori"Mol. Gen. Genet. 261. 698-706 (1999)