メダカゲノムBACライブラリーの構築

2002 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 11236209
• 研究機関: 慶應義塾大学
• 研究代表者: 浅川 修一 慶應義塾大学, 医学部, 助手 (30231872)
• キーワード: メダカ / BAC / HNI / Hd-rR / GSS / ゲノム解析 / 性決定 / DMY / DMRT1Y

研究概要

本研究では既に北日本由来近交系HNI株をソースとして、20ゲノム相当(平均インサートサイズ160kb、9万6千クローン)のBACライブラリーを作製し保存している。本年度は引き続きBACクローンをスクリーニングするための高密度レプリカ(HDR)フィルターやスクリーニングによって同定されたBACクローンを広く内外の研究者に対して配付し、生物学的に重要な遺伝子の単離、解析に貢献した。その成果の一つとして、メダカY染色体に特異的な約400kbの領域をカバーするBACクローンの単離、解析によりメダカ性決定遺伝子DMY/DMRT1Yの同定に貢献することができた。またY染色体特異的な領域およびその両側のX、Y染色体に共通な領域を明らかにすることができた。
さらにメダカゲノム解析を効率的に進めるための基盤として、昨年までに引き続きBACクローンの末端シーケンシングを行い、GSS(Genome survey sequence)としてデータベース化した。現在までに15,000末端を解読した。それらのデータを内外の研究者に提供し、in silicoでのスクリーニングや多型マーカーの創出に活用した。またメダカHd-rR株BACライブラリー、メダカCab株BACライブラリーの末端シーケンシングも行い、既に約4,000末端のシーケンスを解読した。またBACライブラリーに対する4次元PCRスクリーニングのための、ミックスの調整を行い、PCRによるスクリーニングを可能にした。

研究成果

• [文献書誌] Matsuda M, Nagahama Y, Shinomiya A, Sato T, Matsuda C, Kobayashi T, Morrey CE, Shibata N, Asakawa S, Shimizu N, Hori H, Hamaguchi S, Sakaizumi M.: "DMY is a Y-specific DM-domain gene required for male development in the medaka fish"Nature. 417. 559-563 (2002)
• [文献書誌] Nanda I, Kondo M, Hornung U, Asakawa S, Winkler C, Shimizu A, Shan Z, Haaf T, Shimizu N, Shima A, Schmid M, Schartl M.: "A duplicated copy of DMRT1 in the sex-determining region of the Y chromosome of the medaka, Oryzias latipes"Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99. 11778-11783 (2002)
• [文献書誌] Kondo M, Froschauer A, Kitano A, Nanda I, Hornung U, Volff JN, Asakawa S, Mitani H, Naruse K, Tanaka M, Schmid M, Shimizu N, Schartl M, Shima A.: "Molecular cloning and characterization of DMRT genes from the medaka Oryzias latipes and the platyfish Xiphophorus maculatus"Gene. 295. 213-222 (2002)
• [文献書誌] Kondo M, Nanda I, Hornung U, Asakawa S, Shimizu N, Mitani H, Schmid M, Shima A, Schartl M.: "Absense of the Candidate Male Sex-Determining Gene dmrt1b(Y) of Medaka from Other Fish Species"Curr. Biol.. 13. 416-420 (2003)