| 研究課題/領域番号 |
11358012
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| 研究種目 |
基盤研究(A)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 展開研究 |
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| 研究分野 |
生物物理学
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| 研究機関 | 横浜市立大学 |
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研究代表者 |
西村 善文 横浜市立大学, 大学院・総合理学研究科, 教授 (70107390)
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| 研究分担者 |
鈴木 榮一郎 味の素(株), 中央研究所・分析研究部, 主席研究員
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| 研究期間 (年度) |
1999 – 2001
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| キーワード | 転写因子 / DNA結合たんぱく質 / 薬物 / フロー型自動NMR装置 / 二重鎖DNAチップ / テロメア / TRF / hRapl |
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| 研究概要 |
転写因子などのDNA結合タンパク質に結合する薬物の候補化合物を検索するための新しい2つのシステムを開発した。DNA結合タンパク質同定装置とタンパク質回収フロー型自動NMR装置である。DNA結合タンパク質同定装置は二重鎖DNAチップで構成されている。DNA結合タンパク質をトラップできるようなオリゴ2重鎖DNAを固定化し固定化したDNAに結合するタンパク質を同定する方法を全く新たに開発した。13塩基程度の配列を含んだオリゴ二重鎖DNAを化学合成し化学合成DNA末端を修飾して固定化した。蛍光ラベルした相補鎖DNAを流しオリゴ二重鎖DNAを作成する。タンパク質を結合させ、その後水洗する。タンパク質が結合して安定化したDNAを選択的に検出しその蛍光強度を測定した。現在c-MybのDNA結合ドメイン、ヒトテロメアDNA結合タンパク質のTRF1とTRF2で結合実験を確認した。
DNA結合タンパク質を大量に発現させNMR測定が可能な試料を大量に調製する。そのタンパク質を対象にタンパク質回収フロー型自動NMR装置によりタンパク質に結合する低分子化合物を網羅的かつ迅速に同定する技術も開発した。
さらにテロメアタンパク質のTRF1のMybドメインとテロメアDNAとの複合体の構造とTRF2に結合するhRap1のMybドメインの立体構造をNMRで解析した。TRF1のMybドメインのDNAと相互作用する部分は、3番目の認識ヘリックスとフレキシブルアームと呼ばれるN末端領域である。またhRap1のMyb様モチーフの構造解析の結果今までのMyb様モチーフのフォールドと全く同じフォールドであったが明らかに表面構造が異なっていてDNAとは特異的に結合しない表面であった。
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