| 研究課題/領域番号 |
11460085
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
大和田 紘一 東京大学, 海洋研究所, 教授 (30013585)
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| 研究分担者 |
和田 実 東京大学, 海洋研究所, 助手 (70292860)
西村 昌彦 東京大学, 海洋研究所, 助手 (10242174)
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| キーワード | 多様性 / 海底堆積物 / 非培養解析 / 16S rRNA / 微生物コミュニティー |
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| 研究概要 |
本年度は初年度でもあり、まず海洋微生物群集解析法の立ち上げに力を入れる。まず沿岸の堆積物を用いて核酸抽出法の検討から始めたい。その後で予備試験としてTGGE法(温度勾配ゲル電気泳動法)やDGGE法(変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法)を検討し、得られたデータとクローニング法やキノン分析結果との比較、検討を行う。
海洋研究所の淡青丸航海(平成11年6月25日から7月2日)と白鳳丸航海(平成12年1月14日から3月10日)において日本の沿岸から外洋域、深海域にいたるさまざまな海域の海水、底泥のサンプリングを行い、海水、懸濁物、海底堆積物試料を集める。平成10年度に白鳳丸航海の際にマリアナ海溝、伊豆小笠原海溝など8,000mを越す深海から採取された堆積物も冷凍保管されている。
現場サンプルから直接抽出したDNAをTGGE法あるいはDGGE法によりアガロースゲル上に展開する。そこで得られたバンドに関し、遺伝的多様性解析システムを用いて解析する。その中では試料によって共通のバンドや共通性のないバンドに関し解析すると同時にそれらのシークエンスを調べ、これまでに得られているデーターベースとコンピュータを通じてダイレクトに比較できるのが、新しく購入する遺伝的多様性解析システムの強みである。当該年度には出来るだけ多くの試料について検討を行う。
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