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2001 年度 研究成果報告書概要

極低温下でのX線、中性子蛋白質結晶解析のための結晶冷装置の研究開発

研究課題

研究課題/領域番号 11558086
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分展開研究
研究分野 生物物理学
研究機関東京大学

研究代表者

中迫 雅由  東京大学, 分子細胞生物学研究所, 講師 (30227764)

研究分担者 澤野 成民  理学電機株式会社, システム設計部・機会設計グループ, 技師補(研究職)
研究期間 (年度) 1999 – 2001
キーワード蛋白質 / 放射線損傷 / 低温結晶解析 / 大型放射光 / 低温冷却 / 低温蛋白質結晶学 / X線結晶構造解析
研究概要

大強度X線の利用が可能な大型放射光ビームラインでは、100Kにおいてさえ放射線損傷が生じることが明らかとなってきた。この現象は、10^<12>〜10^<13>photon/秒にもおよぶ大強度X線によってガラス状に凍結された水が部分的に溶解し、発生したラジカルが拡散している可能性を強く示唆するものであった。この現象に立ち向かうには更に低い温度での回折実験が有効であることが低温電子顕微鏡法による生体高分子の観察において明らかにされている。本研究では、従来の低温窒素ガス吹き付け型結晶冷却装置と変わりない操作性を有し、試料を35K程度に冷却可能な吹き付け型結晶冷却装置の開発を行った。同装置の実現は、蛋白質結晶の放射線損傷低減にとどまることなく、室温下ピコ〜ナノ秒程度の時間領域で発生する蛋白質等の反応中間状態を凍結した構造解析や分光測定を用意に可能とし、35K〜80Kの温度範囲に相転移を有した物質の構造解析を含めた物性測定に威力を発揮するものと期待される。今回の装置開発では、より低い到達温度が実現可能なヘリウムガスを冷却媒体として用い、目標温度範囲35K〜300K、温度精度0.5Kを達成した。本装置を大型放射高施設スプリング8のビームライン41XUに設置し、蛋白質(鞭毛構築蛋白質、シタロン脱水酵素変異体)や巨大生体分子複合体(光合成器官II、F1-ATP合成酵素)の極低温X線回折強度データ収集を実施した。
また、従来から開発を行ってきた液体窒素温度周辺での低温結晶解析技術を駆使して、多数の蛋白質の結晶構造(グルタミン酸脱水素酵素、キラートキシン、筋小胞体カルシウムポンプ、シタロン脱水酵素等)や蛋白質の水和構造を明らかにし、.蛋白質内部振動の温度依存性についても精度の高い測定を行った。

  • 研究成果

    (42件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (42件)

  • [文献書誌] M.Nakasako: "Structural characteristics in protein hydration investigated by cryogenic X-ray crystal structure analyses"Journal of Biological Physics. (in press). (2002)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] M.Nakasako, M.Sawano, M.Kawamoto: "An open-flow helium cryostat for cryogenic X-ray diffraction experiments"Review of Scientific Instruments. (in press). (2002)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] T.Motoyama, M.Nakasako, I.Yamaguchi: "Crystallization of scytalone dehydratase F162A mutant in the unligated state and a preliminary X-ray diffraction study at 37 K"Acta Crystallographica Sect. D. (in press). (2002)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] M.Nakasako, F.Tsuchiya, Y.Arata: "Roles of hydration water molecules in molecular packing of the killer toxin in its crystalline state investigated by cryogenic X-ray crystallography"Biophysical Chemistry. (in press). (2002)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] M.Nakasako: "Large-scale networks of hydration water molecules around proteins investigated by cryogenic X-ray crystallography"Cellular and Molecular Biology. 47. 767-790 (2001)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] I.Endo, M.Nojiri, M.Tsujimura, M.Nakasako, S.Nagashima, et al.: "Fe-type Nitrile Hydratase"Journal of Inorganic Biochemistry. 83. 247-253 (2001)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] M.Nakasako, T.Fujisawa, S.Adachi, T.Kudo, S.Higuchi: "Large-scale domain movements and hydration structure changes in the active-site cleft in unligated glutamate dehydrogenase from Thermococcus profundus"Biochemistry. 40. 3069-3079 (2001)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Z.Zhang, D.Lewis, C.Strock, G.Inesi, M.Nakasako, H.Nomura et al.: "Detailed characterization of the cooperative mechanism of Ca^<2+> binding and catalytic activation in the Ca^<2+> transport(SERCA) ATPase"Biochemistry. 39. 8758-8767 (2000)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] C.Toyoshima, M.Nakasako, H.Nomura, H.Ogawa: "Crystal structure of the calcium pump of sarcoplasmic reticulum at 2.6 Åresolution"Nature. 405. 647-655 (2000)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] S.Higuchi, M.Nakasako, T.Kudo: "Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of hyperthermostable glutamate dehydrogenase from Thermococcus profundus"Acta Crystallographica Sect. D. 55. 1917-1919 (1999)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] M.Nakasako, M.Odaka, M.Yohda, N.Dohmae, K.Takio, N.Kamiya et al.: "Tertiary and quaternary structures of photoreactive Fe-type nitrile hydratase from Rhodococcus sp. N-771 : Roles of hydration water molecules in stabilizing the structures and the structural origin for the substrate specificity of the enzyme"Biochemistry. 38. 9887-9898 (1999)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] M.Nakasako, H.Takahashi, N.Shimba, I.Shimada, Y.Arata: "The pH-dependent structural variation of complementarity-determining region H3 in the Fv fragment from an anti-dansyl monoclonal antibody, IgG2a(s)"Journal of Molecular Biology. 291. 117-134 (1999)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] M.Nakasako: "Large-scale networks of hydration water molecules around b-trypsin revealed by cryogenic X-ray crystal structure analyses"Journal of Molecular Biology. 289. 547-564 (1999)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] H.Sato, K.Takeda, K.Tani, T.Okada, M.Nakasako, N.Kamiya et al.: "Specific lipid-protein interactions in a novel honeycomb lattice structure of bacteriorhodopsin"Acta Crystallographica Sect. D. 55. 1251-1256 (1999)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] M.Nakasako, M.Kimura, I.Yamaguchi: "Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of blasticidin S deaminase from Aspergillus terreus"Acta Crystallographica Sect. D. 55. 547-548 (1999)

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  • [文献書誌] 中迫雅由, 澤野成民, 河本正秀: "低温ヘリウムガス吹き付け型結晶冷却装置の開発"放射光. (印刷中). (2002)

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  • [文献書誌] M.Nakasako, M.Sawano, M.Kawamoto: "Development of an open-flow cryostat utilizing helium gas"The Rigaku-Denki Journal. 18. 47-53 (2001)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] 中迫雅由, 澤野成民, 河本正秀: "低温ヘリウムガス吹き付け型結晶冷却装置の開発"理学電機ジャーナル. 32. 8-15 (2001)

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  • [文献書誌] 豊島近, 中迫雅由, 野村博美, 小川治夫: "筋小胞体カルシウムポンプの構造決定"蛋白質・核酸・酵素. 46. 1374-1380 (2001)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] 豊島近, 中迫雅由, 野村博美, 小川治夫: "筋小胞体カルシウムポンプの構造決定"放射光. 14. 204-210 (2001)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] M.Nakasako, H.Nomura, H.Ogawa, C.Toyoshima: "Crystal structure analyses of membrane proteins : a case study for calcium pump from sarcoplasmic reticulum"The Japanese Journal of Pharmacology. 85. Suppl.I, S1-1 (2001)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] 中迫雅由, 野村博美, 小川治夫, 豊島近: "筋小胞体カルシウムポンプの結晶構造解析"日本結晶学会誌. 42. 478-485 (2000)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] 中迫雅由: "低温蛋白質結晶構造解析"日本結晶学会誌. 41. 47-56 (1999)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] C.Toyoshima, M.Nakasako, H.Nomura: "Na/K-ATPase and related ATPase (ed. Taniguchi & Kayama)"Three-dimensional structural study of Ca^<2+>-ATPase from sarcoplasmic reticulum. 193-196 (2000)

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  • [文献書誌] M. Nakasako: "Structural characteristics in protein hydration investigated by cryogenic X-ray crystal structure analyses"Journal of Biological Physics. (in press). (2002)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] M. Nakasako, M. Sawano and M. Kawamoto: "An open-flow helium cryostat for cryogenic X-ray diffraction experiments"Review of Scientific Instruments. (in press). (2002)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] T. Motoyama, M. Nakasako and I. Yamaguchi: "Crystallization of scytalone dehydratase F162A mutant in the unligated state and a preliminary X-ray diffraction study at 37 K"Acta Crystallographica Sect. D. (in press). (2002)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] M. Nakasako, F. Tsuchiya and Y. Arata: "Roles of hydration water molecules in molecular packing of the killer toxin in its crystalline state investigated by cryogenic X-ray crystallography"Biophysical Chemistry. (in press). (2002)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] M. Nakasako: "Large-scale networks of hydration water molecules around proteins investigated by cryogenic X-ray crystallography"Cellular and Molecular Biology. 47. 767-790 (2001)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] M. Nakasako, T. Fujisawa, S. Adachi, T. Kudo and S. Higuchi: "Large-scale domain movements and hydration structure changes in the active-site cleft in unligated glutamate dehydrogenase from Thermococcus profundus studied by cryogenic X-ray crystal structure analysis and small-angle X-ray scattering"Biochemistry. 40. 3069-3079 (2001)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Endo, M. Nojiri, M. Tsujimura, M. Nakasako, S. Nagashima, M. Yohda and M. Odaka: "Fe-type Nitrile Hydratase"Journal of Inorganic Biochemistry. 83. 247-253 (2001)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Z. Zhanq, D. Lewis, C. Strock, G. Inesi, M. Nakasako., H. Nomura and C. Toyoshima: "Detailed characterization of the cooperative mechanism of Ca^<2+> binding and catalyti activation in the Ca^<2+> transport (SERCA) ATPase"Biochemistry. 39. 8758-8767 (2000)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] C. Toyoshima, M Nakasako. H. Nomura and H. Ogawa: "Crystal structure of the calcium pump of sarcoplasmic reticulum at 2.6 Å resolution"Nature. 405. 647-655 (2000)

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  • [文献書誌] S. Higuchi, M Nakasako and T. Kudo: "Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of hyperthermostable glutamate dehydrogenase from Thermococcus profundus"Acta Crystallographica Sect.. D 55. 1917-1919 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] M. Nakasako, M. Odaka, M. Yohda, N. Dohmae, K. Takio, N. Kamiya and I. Endo: "Tertiary and quaternary structures of photoreactive Fe-type nitrile hydratase from Rhocdococcus sp. N-771 : Roles of hydration water molecules in stabilizing the structures and the structural origin for the substrate specificity of the enzyme"Biochemistry. 38. 9887-9898 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] M. Nakasako. H. Takahashi, N. Shimba, I. Shimada and Y. Arata: "The pH-dependent structural variation of complementarity-determining region H3 in the Fv fragment from an anti-dansyl monoclonal antibody, lgG2a(s)"Journal of Molecular Biology. 291. 117-134 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] M. Nakasako: "Large-scale networks of hydration water molecules around b-trypsin revealed by cryogenic X-ray crystal structure analyses"Journal of Molecular Biology. 289. 547-564 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] H. Sato, K. Takeda, K. Tani, I Okada, M. Nakasako, N. Kamiya and I Kouyama: "Specific lipid-protein interactions in a novel honeycomb lattice structure of bacteriorhodopsin"Acta Crystallographica Sect. D55. 1251-1256 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] M. Nakasako, M. Kimura and I. Yamaguchi: "Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of blasticidin S deaminase from Aspergillus terreus"Acta Crystallographica Sect.. D55. 547-548 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] M. Nakasako, M. Sawano and M. Kawamoto: "Development of an open-flow cryostat utilizing helium gas"The Rigaku-Denki Journal. 18. 47-53 (2001)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] M. Nakasako, H. Nomura, H. Ogawa and C. Toyoshima: "Crystal structure analyses of membrane proteins: a case study for calcium pump from sarcoplasmic reticulum"The Japanese Journal of Pharmacology. 85 Suppl. l.. S1-1 (2001)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] C. Toyoshima, M. Nakasako and H. Nomura: "Three-dimensional structural study of Ca^<2+>-_-ATPase from sarcoplasmic reticulum"Na/K-ATPase and related ATPase (ed. Taniguchi & Kayama). 193-196 (2000)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より

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公開日: 2003-09-17  

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