国際微生物データセンター(WDCM)のデータ獲得と提供に関する研究

2000 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 11691199
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 菅原 秀明 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (80231372)
• 研究分担者: 宮崎 智 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 助手 (30290894)
• キーワード: 生物多様性 / ゲノム / 微生物 / 系統保存 / 分類 / 同定 / データベース / インターネット

研究概要

2000年7月にオーストラリアQueenslandで開催された第9回国際菌株保存会議(International Congress for Culture Collections)に出席しWFCC MIRCEN World Data Centre for Microorganisms (WDCM)の活動を報告し、また、我々が開発中の表現形質と分子データを統合した分類同定システムを紹介した。また、2月に国立遺伝学研究所で開催した微生物情報システム研究会においても分類同定システムを紹介した。それらに対する反応をもとに、WDCMシステムならびに分類同定システムの改良を進めた。WDCMシステムについては、いわゆる発展途上国へのインターネットの普及が進んでいることから、Webブラウザーとインターネットを介して登録情報をオンラインで追加更新できるシステムの開発に着手した。分類同定システムについては、経済的にも技術的にも可搬性を高めるために、これまで以上に徹底してパブリックドメインのツールだけを使って構築することとした。
系統保存事業を巡る情報化、事業と研究のバランスなどの問題については、ドイツDSMZ所長、英国CABIの微生物系統保存事業担当者などが来日した際にヨーロッパの状況を聴取し、また、発酵研究所とも情報交換を行った。その結果、各機関とも、ゲノムプロジェクトの進展と生物多様性研究からの衝撃と情報技術の応用に真剣に対応しようとしていることが分かった。ゲノムプロジェクトは、分類学や応用研究への影響と、ゲノムプロジェクト由来の膨大なライブラリーという系統保存事業への影響がある。生物多様性は、難培養性微生物のカタログ化と培養技術の開発といった研究開発とともに、やはり、膨大な多様な材料の系統保存事業の観点の議論が行われていた。情報技術の応用については個々の機関におけるデータ公開が進むとともに、地域的なネットワークの構築も進む傾向がみられた。

研究成果

• [文献書誌] 菅原秀明: "ゲノム情報から多様性情報まで"情報知識学会誌. 10(4). 1-3 (2001)
• [文献書誌] Goto,K.,Miyazaki,S.and Sugawara,H.: "Genome Information Broker for Data Retrieval and Comparative Analysis of Microbial Genomes"Journal of Japan Society of Information and Knowledge. 10(4). 4-13 (2001)
• [文献書誌] Sugawara,H.: "Bioinformatics"Management and Operation of Culture Collections Training Course of the 9^<th> International Congress for Culture Collections (Brisbane). (口頭). (2000)
• [文献書誌] Miyazaki,S.and Sugawara,H.: "WFCC World Data Centre for Microorganisms (WDCM) : Its activities and the utilization of information technology for culture collections and microbiology"Ninth International Congress for Culture Collections and Microbiology (Brisbane). (口頭). (2000)
• [文献書誌] Sugawara,H.and Miyazaki,S.: "Linking microbial genetic resources in culture collections with nucleic acid sequences"The 9^<th> International Congress for Culture Collections (Brisbane). (口頭). (2000)
• [文献書誌] Salomon W.,Doyle,A.and Sugawara,H.: "OEDC Task Force on strategy for the long-term development and sustainability of Biological Resource Centres"The 9^<th> International Congress for Culture Collections (Brisbane). (口頭). (2000)
• [文献書誌] 天野誠,江崎孝行,河村好章,菅原秀明: "DNAチップを用いた細菌同定法の開発(口頭)"日本微生物資源学会第7回大会(仙台). (2000)
• [文献書誌] 菅原秀明,宮崎智: "微生物情報ネットワークの技術的課題(口頭)"日本微生物資源学会第7回大会(仙台). (2000)