| 研究課題/領域番号 |
11694226
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 研究機関 | 放射線医学総合研究所 |
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研究代表者 |
三田 和英 放射線医学総合研究所, 第2研究グループ, 研究員 (30159165)
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| 研究分担者 |
嶋田 透 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (20202111)
市村 幸子 放射線医学総合研究所, 生物影響研究部, 研究員 (40158754)
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| キーワード | カイコ / BACライブラリー / BACコンティーグ / 物理地図 / ESTマーカー / 遺伝子地図 / カイコゲノム解析 |
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| 研究概要 |
カイコゲノム解析のための物理地図を作成することが本研究の目的である。平成11年度には最初の目標である高品質のカイコBACライブラリーを作成することができた。平均インサートサイズが170kbで、重複度が11倍、キメラ率が3%以内という優れたライブラリーである。作成したBACライブラリーの全クローンをフィルターにドットブロットした高密度HDRフィルターを作成することができた。また、ESTデータベースは科学研究費基盤(B)「カイコ全発現遺伝子のカタログ化」(研究代表者:三田和英、平成10-12年)のサポートにより、カイコ全遺伝子の約40%をカバーするデータベースが構築されている。このESTマーカーをブローブとし、ハイブリダイゼーション法によってBACコンティーグを作成する段階にすでに入っている。この方法で全ゲノムのBACコンティーグを作成するには約6,000回のハイブリダイゼーションが必要である。しかし、この方法で得られる物理地図は直接遺伝子地図になるので、非常に価値が高い。ハイブリダイゼーションの条件も決定することができ、現在約10%のハイブリを進行させている。同時に、特定の染色体領域をカバーするBACコンティーグ作製にはBACクローンの末端シーケンスをブローブとするウォーキング法も併用している。
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