| 研究課題/領域番号 |
11694226
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| 研究機関 | 独立行政法人放射線医学総合研究所 |
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研究代表者 |
三田 和英 放射線医学総合研究所, 第2研究グループ, 研究員 (30159165)
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| 研究分担者 |
嶋田 透 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (20202111)
森明 先興 放射線医学総合研究所, 第2研究グループ, 研究員 (00166430)
沼田 幸子 放射線医学総合研究所, 生物影響研究部, 研究員 (40158754)
田村 俊樹 蚕糸・昆虫農業技術研究所, 遺伝育種部, 研究員
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| キーワード | カイコ / BACライブラリー / コンティーグ / ハイブリダイゼーション / ESTマーカー / 物理地図 / フィンガープリント |
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| 研究概要 |
カイニゲノム解析のための物理地図を作成することが本研究の目的である。まず平均インサートサイズが170kbで、重複度が11倍、キメラ率が3%以内という優れたカイコBACライブラリーを作成することができた。作成したBACライブラリーの全クローンをフィルターにドットブロットした高密度HDRフィルターも作成した。また、ESTデータベースは科学研究費基盤(B)「カイコ全発現遺伝子のカタログ化」(研究代表者:三田和英、平成10-12年)のサボートにより、カイコ全遺伝子の約40%をカバーするデータベースが構築されている。このESTマーカーをマーカーとし、ハイブリダイゼーション法によってBACコンティーグ作成を進行させている。この方法で全ゲノムのBACコンティーグを作成するには約6,200回のハイブリダイゼーションが必要であるが、現在までに約1/3のハイブリを終了した。しかし、この方法で得られる物理地図は直接遺伝子地図になるので、非常に価値が高い。この他に、BAC末端シーケンスによるウォーキング法を用いて、Z染色体のBACコンティーグ作成を行っており、現在までに1Mb以上の領域のコンティーグ作成を行い、Z染色体に座乗する10個以上の遺伝子を見い出した。
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