癌に対するバイオセンサー型DNAチップの開発

1999 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 11794017
• 研究機関: 金沢大学
• 研究代表者: 金子 周一 金沢大学, 医学部, 助教授 (60185923)
• 研究分担者: 民谷 栄一 北陸先端科学技術大学院大学, 教授 (60179893) ; 中本 安成 金沢大学, 医学部, 助手 (40293352) ; 本多 政夫 金沢大学, 医学部, 助手 (00272980) ; 佐々木 基 澁谷工業株式会社, 主事 ; 川上 文清 東洋紡績株式会社, 主席部員
• キーワード: DNAチップ / バイオセンサー / 癌 / 遺伝子

研究概要

癌に対するバイオセンサー型DNAチップを作製するため、以下の研究を行った。
1)DNAチップとの反応・測定条件の設定
1000ほどの遺伝子を用いて、ガラス基盤上にDNAチップを作製し、ヒト肝細胞癌由来細胞株を用いてhybridization,washing、検出等の条件設定を行った。また細胞や組織からのRNA抽出に加えて、微量サンプルを扱うためにRNA amplificationの条件設定を行い、mgオーダーの組織から安定してDNAチップに持ち込む系を確立した。またいくつかのコントロール条件を設定した。
2)遺伝子情報解析の構築
得られた遺伝子情報は膨大なものとなるため、遺伝子情報および解析情報をソフトウェアを用いて入力し、インターネット上の情報とも連動して解析するながれを構築した。また疾患に対して得られる遺伝子情報にたいして、疾病との連動を検討する、あらたな解析ソフトの開発を開始した。
3)バイオセンサー型チップ作製条件の設定
従来のDNAチップ作製装置を改良し、基盤上の微小な金属電極にDNAをスポットする装置を開発した。コンピューター上で、異なる微小電極の配置に対しても対応できるソフトウェアを開発している。
4)バイオセンサー型チップの反応・測定条件の設定
基盤上にリソグラフィーの原理を応用し、微小電極を作製した。この電極上にDNAを載せ、検体DNAとの反応条件、インターカレ一夕ーとの反応条件、測定条件等を検討した。用いたウイルスDNAに対して微小電流が得られ、その測定条件の設定を開始した。

研究成果

• [文献書誌] Rieko Saeki: "Intratumoral genomic heterogeneity in human hepatocellular carcinoma detected by restriction landmark genomic scanning"Journal of Hepatology. (in press).
• [文献書誌] Taro Yamashita: "Comprehensive gene expression profile of a normal human liver"Biochemical and Biophysical Reserch Communications. (in press).
• [文献書誌] Masao Honda: "Cell cycle regulation of hepatitis C virus IRES-directed translation"Gastroenterology. 118. 152-162 (2000)
• [文献書誌] Aki Takeuchi: "Interferon-alpha modulates resistance to cisplatin in three human hepatoma cell lines"Journal of Gastroenterology. 34. 351-358 (1999)
• [文献書誌] Katsuro Koike: "Survey of hepatitis B virus co-infection in hepatitis C virus infected patients suffering from chronic hepatitis and hepatocellular carcinoma in Japan"Japanese Journal of Cancer Research. 90. 1270-1272 (1999)
• [文献書誌] Miyoko Natsume: "Attenuated liver fibrosis and depressed serum albumin levels in carbon tetrachloride-treated IL-6-deficient mice"Journal of Leukocyte Biology. 66. 601-608 (1999)
• [文献書誌] Eishiro Mizukoshi: "Serum level of soluble interferon alpha/beta receptor as an inhibitory factor of IFN in the patients with chronic hepatitis C"Hepatology. 30. 1325-1331 (1999)
• [文献書誌] Akito Sakai: "Quasispecies of hepatitis C virus in serum and in three different parts of the liver of patients with chronic hepatitis"Hepatology. 30. 556-561 (1999)
• [文献書誌] Yasunari Nakamoto: "Inhibition of peripheral blood lymphocyte apoptosis by soluble Fas ligand in patients with hepatocellular carcinoma"Oncology Report. 6. 733-739 (1999)
• [文献書誌] Eishiro Mizukoshi: "Up-regulation of Type I interferon receptor by interferon-gamma"Journal of Interferon and ytokine Research. 19. 1019-1023 (1999)
• [文献書誌] Takayoshi Koura: "Investigation of albumin-synthesizing ability in rat cirrhotic liver-directed hepatocytes using primary hepatocyte culture"Journal of Hepatology. 31. 293-299 (1999)
• [文献書誌] Hideki Ohono: "Human hepatitis B virus X protein augments the DNA binding of NFIL6 through its basic-leucine zipper domain"Journal of Medical Virology. 58. 11-18 (1999)
• [文献書誌] Shuichi Kaneko: "In Nagy Habib (eds) : Methods in Molecular Medicine""Gene therapy vectors harvoring AFP regulatory sequences : preparation of an adenoviral vector (in press).
• [文献書誌] Shuichi Kaneko: "In Sudhir Srivastava (eds) : "Molecular Pathology of Early Cancer""Liver Cancer. 9 (1999)