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タンパク質には、糖鎖がグリコシド結合により、ペプチド鎖と共有結合している糖タンパク質がある。海洋中には、懸濁態及び溶存態タンパク質が存在する。表層水中の懸濁態タンパク質分子組成は、生きている生物体のものとみられる少量かつ多種類のタンパク質が、バックグラウンドタンパク質を形成し、少量成分として、少数の特定タンパク質が存在する。溶存態タンパク質では、約30種類以下の特定タンパク質が主要な成分であった。その中で、分子量4万8千のタンパク質はアミノ酸配列から、バクテリアの糖タンパク質であるポリンP同族体と同定された。膜タンパク質の検出は、海水中の懸濁態及び溶存態タンパク質の起源や動態を知る上で、重要な知見を与えるものと考えた。
表層懸濁態タンパク質について、糖鎖の検出を試みたところ、バッククラウンドタンパク質は僅かに染色されたが、明確なバンドは認められなかった。懸濁態タンパク質中の糖タンパク質の検出には、更に工夫を要する。ちなみに、培養バクテリアでは、明確な糖タンパク質バンドが認められた。
溶存タンパク質では、強く染色されるバンドは認められなかったが、数本の糖タンパク質バンドが、かすかではあったが明白に認められた。その染色強度から判断して、今回認められた糖タンパク質の糖鎖は、非常に短く、その割合は全重量の数パーセント若しくはそれ以下と推定される。上述したポリン族タンパク質は糖鎖を有していないことが知られている。従って、溶存タンパク質の中にはポリン族以外のタンパク質が存在する可能性が高まった。
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