• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2002 年度 実績報告書

複雑系としての生命システムの解析

研究課題

研究課題/領域番号 11CE2006
研究機関東京大学

研究代表者

金子 邦彦  東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (30177513)

研究分担者 四方 哲也  大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 助教授 (00222399)
菅原 正  東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (50124219)
浅島 誠  東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (00090564)
安田 賢二  東京大学, 大学院・総合文化研究科, 助教授 (20313158)
川戸 佳  東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (50169736)
キーワード構成的生物学 / 自己複製系 / 細胞分化 / アクチビン / 記憶 / 微細加工 / 同所的種分化 / 共生
研究概要

各班で目的にそって以下の成果をあげた。
・人工複製系構築班:
試験管内での複製系構築の完成は、それ自体意義があるが、さらに、再帰的な増殖での少数の遺伝子の意義を明らかにでき、「複製系では少数分子が情報を担うようになるという」理論と対応がついた。理論と実験の対応により、遺伝情報を細胞が有するのはなぜかという問の答えに迫っている。
ついでリポソーム内でDNAー>mRNAー>たんぱく質の反応系の構築が完成し、これにより合成能の高いRNAの進化も可能になった。一方2種の両親媒性分子を混合した、安定したベシクル増殖系の構築が進んでいる。この両者を組み合わせるために膜にDNAをアンカーリングさせた分子集合体を構築し、膜の内部でDNAの合成が起こっている事を蛍光で確認した。「内部で反応をしながら増殖していく細胞プロトタイプ」へ近付いている。
また、理論としては細胞内反応の増殖系が再帰的増殖系を構成できる際に、各化学成分の量を多い順に並べると、量が順位の逆数に比例するというZipf則を発見し、それが化学成分が触媒しあうカスケード構造を作っているためであると結論した。対応して、実際の細胞でタンパク発現量がどうなっているかを遺伝子の発現解析で調べ、この法則がみたされることを確認した。これは理論と実験が定量的に合致する例である。さらに、増殖系では各成分の濃度揺らぎがガウス分布ではなく対数正規分布になるという一般理論を提唱、これもまたリポソームから細胞内のタンパクの量のゆらぎで確認されている。
・発生過程制御班:
大腸菌内に細胞分化の指標となるミニネットワークを持った遺伝系構築ができ、大腸菌集団の状態分化を制御できるようになったので、これをふまえて細胞状態が分化する際にどのような変化が生じるかをマイクロアレイおよびセルソーターを駆使して定量的に測定した。一方、アニマルキャップの未分化細胞からの、アクチビンなどによる組織構築は着々と進んだ、特に、これまで不可能であった軟骨の構築の成功した。これは、歯の形成などにもっながる成果である。また、移植されたその組織が正常な機能を持つことを眼、心臓などで確認した。特に眼球の移植では、移植により、それとつながる神経系がいかに構築されていくかを明らかにした。これらの組織構築では、正常発生過程の中間ステップをとびこして最終状態にいくjump-over現象がみられる。これと力学系理論の関係をも調べている。さらに、理論の側では、これまでの細胞分化理論からパタン形成へ至る道筋を説明し、それにより多細胞生物の起源を議論した。
進化については「相互作用による表現型の分化が遺伝型の進化を促す」という種分化の理論の一般化を行ない、一方、実験室での検証にむけて大腸菌人工進化系での研究を進めた、また、大腸菌の中に、ランダムなアミノ酸配列から作ったタンパクの合成系をくみこんだ系を構築し、蛍光の高いタンパクを合成するように進化させた。この系で、表現型のゆらぎと進化速度の関係を見出し、揺動-応答の一般理論からこれを説明した。大腸菌と粘菌さらにシアノバクテリアを内部に含むテトラヒメナの共生体の構築をなしとげ、さらに表現型の変化が遺伝子まで及ぶ際にどのような遺伝子発現の変化が生じたかをマイクロアレイで確認した。理論、実験ともに、可塑性の変化と進化の間の関係の一般的性質が導かれつつある。
・動的生命解析班
マイクロ加工技術と光ピンセット操作を応用した1細胞長期培養観測装置系の開発、各細胞の性質をこちらで判定しながら、ダメージをあたえずに分離し培養、解析する使い捨てセルソーターを開発し、既に8件の特許を申請中である。これらの技術を未分化細胞からの分化操作へ適用することも進んでいる。
以上の結果は、論文で発表する一方、長文のレビューにもまとめ、複雑系生物学の分野の確立をめざしている。

  • 研究成果

    (52件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (52件)

  • [文献書誌] K.Kaneko: "Recursiveness and Evolvability in Mutually Catalytic Reaction System"Advances in Complex Systems. (in press). (2003)

  • [文献書誌] K.Kaneko, T.Yomo: "On a kinetic origin of heredity : minority control in replicating molecules"J.Theor.Biol.. 214. 563-576 (2003)

  • [文献書誌] T.Yamamoto, K.Kaneko: "Tile Automaton in the well-mixed medium"Physica D. (in press). (2003)

  • [文献書誌] K.Kaneko, T.Yomo: "Genetic Diversification through Interaction-driven Phenotype Differentiation"Evol Ecol.Res.. 4. 317-350 (2003)

  • [文献書誌] K.Fujimoto, K.Kaneko: "How Fast Elements can Affect Slow Dynamics"Physica D. (in press). (2003)

  • [文献書誌] Junji Ito, Kunihiko Kaneko: "Spontaneous structure formation in a network of chaotic units with variable connection strengths"Phys.Rev.Lett.. 88. 028701-1 (2003)

  • [文献書誌] Y.Togashi, K.Kaneko: "Alteration of Chemical Concentrations by Discreteness Induced Transitions in Small Autocatalytic Systems"J.Phys.Soc.Japan. 72. 62-68 (2003)

  • [文献書誌] C.Furusawa, K.Kaneko: "Origin of Multicellular Organisms as an Inevitable Consequence of Dynamical Systems"Anatomical record. 268. 327-342 (2002)

  • [文献書誌] Kunihiko Kaneko: "Kinetic Origin of Heredity in a Replicating System with a Catalytic Network ;"J Biol.Phys.. 28. 781-792 (2002)

  • [文献書誌] Kunihiko Kaneko: "Symbiotic Sympatric Speciation : Compliance with Interaction-driven Phenotype Differentiation from a Single Genotype;"Population Ecology. 44. 71-85 (2002)

  • [文献書誌] Kunihiko Kaneko: "Dominance of Minlnor attractors in Globally Coupled Dynamical Systems with more than 7 +-dehgrees of freedom"Phys.Rev.E.. 66. 055201(R) (2002)

  • [文献書誌] S.Ishihara, K.Kaneko: "Simple dynamical system model of history dependent phenomena"J Phys Soc.Jpn. 71. 2357-2360 (2002)

  • [文献書誌] N.Kataoka, K.Kaneko: "Dynamical Networks in Function Dynamics"Physica D. (in press). (2003)

  • [文献書誌] T.Shibata, K.Kaneko: "Coupled Map Gas : structure formation and dynamics of interacting mobile elements with internal dynamics"Physica D. (in press). (2003)

  • [文献書誌] K.Kaneko: "Constructive and Dynamical Systems Approach to Life"Proceedings of Modelling and Theory in Biological systems. (in press). (2003)

  • [文献書誌] C.Furusawa, K.Kaneko: "Zipfs law in Gene expression"Phys.Rev.Lett.. (in press). (2003)

  • [文献書誌] H.Takagi, K.Kaneko: "Pattern dynamics of a multi-component reaction diffusion system : Differentiation of replicating spots"Int.J.Bifurcation and Chaos. 12・11. 2579-2598 (2002)

  • [文献書誌] Kuroda, H., Inui, M., Sugimoto, K., Hataya, T., Asashima, M.: "Axial protocadherin is a mediator of prenotochord cell sorting in Xenopus"Developmental Biology. 244. 267-277 (2002)

  • [文献書誌] Onuma, Y., Takahashi, S., Asashima, M., Kurata, S., Walter J.Gehring: "Conservation of Pax 6 function and upstream activation by Notch signaling in eye development of frogs and flies"PNAS. 99(4). 2020-2025 (2002)

  • [文献書誌] Kadoya, T., Yamamoto, H., Suzuki, T., Yukita, A., Fukui, A., Michiue, T., Asahara, T., Tanaka, K., Asashima, M.Kikuchi, A.: "Desumoylation activity of Axam, a nobel Axin-binding protein, is involved indownregulation of β-catenin"Molecular and Cellular Biology. 22(11). 3803-3819 (2002)

  • [文献書誌] Emura, T., Asashima, M., Furue, M., Hasizume, K.: "Experimental split cord malformations"Pediatr.Neutrosurg. 36. 229-235 (2002)

  • [文献書誌] Osafune, K., Nishinakamura, R., Komazaki, S., Asashima, M.: "In vitro induction of the pronephric duct in Xenopus explants"Develop.Growth Differ.. 44. 161-167 (2002)

  • [文献書誌] Onuma, Y., Takahashi, S., Yokota, C., Asashima, M.: "Multiple nodal-related genes act coordinately in Xenopus embryogenesis"Developmental Biology. 241. 94-105 (2003)

  • [文献書誌] Kobayashi, M., Kishida, S., Fukui, A., Michiue, T., Miyamoto, Y., Okamoto, T, Yoneda, Y., Asashima, M., Kikuchi, A.: "Nuclear localization of Duplin, a β-catenin-binding protein, is essential for its inhibitory activity on the Wnt signaling pathway"J.Biol.Chem.. 277(8). 5816-5822 (2002)

  • [文献書誌] Kakeda, M., Kyuno, J., Kato, T., Nishikawa, M., Asashima, M.: "Role of the thrombopoietin (TPO)/Mpl system : c-Mpl-like molecule/TPO signaling enhances early hematopoiesis in Xenopus laevis"Develop.Growth Differ.. 44. 63-75 (2002)

  • [文献書誌] Sedohara, A., Fukui, A., Michiue, T., Asashima, M.: "Role of BMP-4 in the including ability of the head organizer in Xenopus laevis"Zool.Sci.. 19. 67-80 (2002)

  • [文献書誌] Wada, M., Miyazawa, H., Wang, R., Mizuno, T., Sato, A., Asashima, M., Hanaoka, F.: "The second largest subunit of mouse DNA polymerase ε, DPE2, interacts with SASP18 and recruits the Sin3 co-repressor protein to DNA"J.Biochem.. 131. 307-311 (2002)

  • [文献書誌] Hayata, T., Tanegashima, K., Takahashi, S., Sogame, A., Asashima, M.: "Overexpression of the secreted factor Mig30 expressed in the Spemann organizer impairs morphogenetic movements during Xenopus gastrulation"Mechanisms of Development. 112. 37-51 (2002)

  • [文献書誌] Koyano, S., Fukui, A., Uchida, S., Yamada, K., Asashima, M., Sakuragawa, N.: "Synthesis and release of activin and noggin by cultured human aminotic epithelial cells"Develop.Growth Differ.. 44(2). 103-112 (2002)

  • [文献書誌] Satow, R., Chan, T., Asashima M.: "Molecular cloning and characterization of dullard : a novel gene required for neural development"B.B.R.C.. 295. 85-91 (2002)

  • [文献書誌] Uehara, M., Haramoto, Y., Sekizaki, H., Takahashi, H., Asashima, M.: "Chromosome mapping of Xenopus tropicalis using the G-and Ag-bands : Tandem duplication and polyploidization of larvae heads"Develop.Growth Differ.. 44. 427-436 (2002)

  • [文献書誌] Furue, M., Myoishi, Y., Fukui, Y., Ariizumi, T., Okamoto, T., Asashima, M.: "Activin A induces craniofacial cartilage from undifferentiated Xenopus ectoderm in vitro"PNAS. 99(24). 15474-15479 (2002)

  • [文献書誌] Sato, A., Matsumoto, Y., Koide, U., Kataoka, Y., Yoshida, N., Yokota, T., Asashima, M., Nishinakamura, R.: "Zinc finger protein Sall2 is not essential for embryonic and kidney development"Molecular and Cellular Biology. 23(1). 62-69 (2003)

  • [文献書誌] K.Takakura, T.Toyota, K.Yamada, M.Ishimaru, K.Yasuda, T.Sugawara: "Morphological Change of Giant Vesicles Triggered by Dehydrocondensation Reaction"Chem.Lett.. 3. 404-405 (2002)

  • [文献書誌] Katsuto Takakura, Taro Toyota, Tadashi Sugawara: "A Novel System of Self-Reproducing Giant Vesicles"J.Am.Chem.Soc.. (印刷中). (2003)

  • [文献書誌] 菅原正, 高倉克人: "自己複製ベシクル:化学で挑む細胞モデルの構築"現代化学. 4月号(掲載予定). (2003)

  • [文献書誌] Hayashi, Y., Sakata, H., Makino, Y., Urabe, I., Yomo, T.: "Can an arbitrary sequence evolve towards acquiring a biological function?"J.Mol.Evol.. 56(2). 162-168 (2003)

  • [文献書誌] Todoriki, M., Oki, S., Matsuyama, S.-I., Urabe, I., Yomo, T.: "Uniqe colony housing the coexisting escherichia coli and dictyostelium discoideum"J.Biol.Phys.. 28(4). 793-797 (2002)

  • [文献書誌] Yamauchi, A., Nakashima, T., Tokuriki, N., Hosokawa, M., Nogami, H., Arioka, S., Urabe, I., Yomo, T.: "Evolvability of random polypeptides through functional selection within a small library"Protein Eng.. 15(7). 619-626 (2002)

  • [文献書誌] Matsuura, T., Yamaguchi, M., Ko-Mitamura E.P., Shima, Y., Urabe, I., Yomo, T.: "Importance of compartment formation for a self-encoding system"PNAS, USA. 99(11). 7514-7517 (2002)

  • [文献書誌] Todoriki, M., Oki, S., Matsuyama, S., Ko-Mitamura, E.P., Urabe, I., Yomo, T.: "An observation of the initial stage towards a symbiotic relationship"BioSystems.. 65. 105-112 (2002)

  • [文献書誌] Kaneko, K., Yomo, T: "Symbiotic sympatric speciation through interaction-driven phenotype differentiation"Evol.Ecol.Res.. 4(3). 317-350 (2002)

  • [文献書誌] Kaneko, K., Yomo, T.: "On a kinetic origin of heredity : minority control in a replicating system with mutually catalytic molecules"J.Theor.Biol.. 214. 563-576 (2002)

  • [文献書誌] 高橋一憲, 杉尾嘉宏, 森口裕之, 神保泰彦, 安田賢二: "光硬化性樹脂SU-8と半透膜を用いた神経細胞長期培養用多電極刺激計測マイクロチャンバの試作"電気学会論文誌. 122-C. 1447-1452 (2002)

  • [文献書誌] 森口裕之, 高橋一憲, 杉尾嘉宏, 若本祐一, 井之上一平, 神保泰彦, 安田賢二: "集束光加熱エッチング法によって加工したアガロースマイクロチャンバアレイを用いた神経細胞の培養"電気学会論文誌. 122-C. 1453-1458 (2002)

  • [文献書誌] H.Moriguchi, Y.Wakamoto, Y.Sugio, K.Takahashi, I.Inoue, K.Yasuda: "An agar-microchamber cell-cultivation system : flexible change of microchamber shapes during cultivation by photo-thermal etching"Lab Chip. 2. 125-130 (2002)

  • [文献書誌] Takahashi T, Kimoto T, Tanabe N, Hattori TA, Yasumatsu N, Kawato S: "Corticosterone acutely prolonged N-methyl-D-aspartate receptor-mediated Ca2+ elevation in cultured rat hippocampal neurons"J Neurochem. 83(6). 1441-1451 (2002)

  • [文献書誌] Takata N, Shibuya K, Okabe M, Nagano T, Kojima H, Kawato S.: "Pregnenolone sulfate acutely enhances NO production in the rat hippocampus : digital fluorescence study using NO reactive dye"Bioimages. 10. 1-8 (2002)

  • [文献書誌] Shibuya K, Takata N, Hojo Y, Furukawa A, Yasumatsu N, Kimoto T, Enami T, Suzuki K, Tanabe N, Ishii H, Mukai H, Takahashi T, Hattori T, Kawato: "Hippocampal cytochrome P450s synthesize brain neurosteroids which are paracrine neuromodulators of synaptic signal transduction"Biochim Biophys Acta. 1619. 301-316 (2003)

  • [文献書誌] Kawato S, Hojo Y, Kimoto T: "Histological and metabolism analysis of P450 expression in the brain"Methods Enzymol. 357. 241-249 (2003)

  • [文献書誌] K.Kaneko: ""Organization through Intra-Inter Dynamics" in Origination of Organismal Form : Beyond the Gene in Developmental and Evolutionary Biology"MIT press (eds.G.Mueller and S.Newman). 26/332 (2003)

  • [文献書誌] 安田賢二: "マイクロマシン(第14章第1節オンチップ1細胞培養システムを用いた細胞状態の比較分析)"江刺正喜監修,産業技術サービスセンター、分担執筆. 598-606 (2002)

URL: 

公開日: 2004-04-07   更新日: 2016-04-21  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi