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2012 年度 実績報告書

生体系における水の並進エントロピーの重要性:統計力学理論解析

研究課題

研究課題/領域番号 11J02654
研究機関神戸大学

研究代表者

天野 健一  神戸大学, 理学研究科, 特別研究員(PD)

研究期間 (年度) 2011 – 2013-03-31
キーワードATP駆動タンパク質 / 水の並進エントロピー / 液体の統計力学 / 水和効果 / 液中AFM / 溶媒和構造の計算 / 表面科学 / 固液界面
研究概要

(1)私はATP駆動タンパク質の一つであるミオシンの研究を液体の統計力学の観点から研究した。ミオシンの一方向性運動においてミオシンはアクチンフィラメントに結合するのだが、ショ糖を添加する事で結合力が増す事が知られている。そこで、ショ糖添加に伴うエントロピックな結合力はどうなるのかを調べた。計算によると、ショ糖の添加により、エントロピックな結合力が増加する事が判明した。
(2)液中AFMを液体の統計力学の観点から研究した。主な研究実施状況は、以下のA~Dである。
A:疎溶媒性と親溶媒性の表面が交互に配列した表面上で、測定されうる探針と試料表面間の相互作用力を計算した。疎溶媒性と親溶媒性の間隔を変化させたり探針の溶媒への親和性を変化させたりして、様々な条件下での相互作用力を調査した。これによりフォースカーブの一般的な性質を把握する事ができた。
B:これまで液中AFMで測定された探針と試料表面間の相互作用力を溶媒和構造に変換する手法は無かった。そこで私は、そのフォースカーブを溶媒和構造に変換するアルゴリズムを見出した。また、そのアルゴリズムの正当性を理論計算上で確認もした。
C:これまで知られていた、液中AFMで測定されるフォースカーブと、実際に試料表面上に形成される溶媒和構造との関係式は、明らかに間違っている事を発見した。そこで、私は、液体の統計力学の観点から、フォースカーブと溶媒和構造の関係式を厳密に導出した。関係式は、単純流体・二成分流体・分子性液体の条件下で、3パターンのものを見出した。
D:液中AFMによって、生体分子一分子を試料表面と探針の間で引っ張る事ができる。この技術を用いて私は、生体分子の変性における水和エントロピーの変化量を直接計測する手法を見出した。そこで、私はその理論に従って、実験を提案・施行した。

  • 研究成果

    (10件)

すべて 2013 2012 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Entropic release of a big sphere from a cylindrical vessel2013

    • 著者名/発表者名
      Hirokazu Mishima, Hiraku oshima, Satoshi Yasuda, Ken-ichi Amano. and Masahiro Kinoshita
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters 7

      巻: 561-562 ページ: 159-165

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2013.01.045

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical study of solvent-mediated Ising-like systems : One-dimensional version2012

    • 著者名/発表者名
      Ken-ichi Amano
    • 雑誌名

      Physica A

      巻: 391 ページ: 4615-4623

    • DOI

      10.1016/j-physa.2012.05.059

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Platinum electrodeposition in porous silicon : The influence of surface solvation effects on a chemical reaction in a nanospace2012

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiro Fukami, Ryo Koda, Tetsuo Sakka,Tomoko Urata,Ken-ichi Amano,Hikaru Takaya,Masaharu Nakamura,Yukio Ogata, and Masahiro Kinoshita
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 542 ページ: 99-105

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2012.05.078

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A method for calculating solvation structure on a sample surface from.a force curve between a probe and the sample:One-dimensional version2012

    • 著者名/発表者名
      Ken-ichi Amano
    • 雑誌名

      arXiv

      巻: 1209.0303

  • [雑誌論文] シャペロニンGroELによる基質タンパク質の挿入と放出のメカニズムの解明 : 溶媒和の観点から2012

    • 著者名/発表者名
      天野健一
    • 雑誌名

      分子シミュレーション研究会会誌"アンサンブル"

      巻: 14(4) ページ: 196-202

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A method of comparison between a force curve measured on a solvated surface and the solvation structure2012

    • 著者名/発表者名
      Ken-ichi Amano. Kazuhiro Suzuki, Takeshi Fukuma, and Hirosi Onishii Onishi ,
    • 雑誌名

      arXiv

      巻: 1212.1888

  • [雑誌論文] Relation between a force curve measured on a solvated surface and the solvation structure : Relational expressions for a binary solvent and a molecular liquid molecular liquid i2012

    • 著者名/発表者名
      Ken-ichi Amano. Kazuhiro Suzuki, Takeshi Fukuma, and Hiroshi Onishi
    • 雑誌名

      arXiv

      巻: 1212.6138

  • [学会発表] 液中AFMから得られるフォースカーブを元にした溶媒和構造の計算2013

    • 著者名/発表者名
      天野健一、大西洋
    • 学会等名
      生物物理学会・中部支部講演会
    • 発表場所
      愛知県、名古屋大学
    • 年月日
      2013-02-19
  • [学会発表] Mean force between an AFM probe and membrane patterned with solvophilic and solvophobic surface : a theoretical study2012

    • 著者名/発表者名
      Ken-ichi Amano. Hiroshi Onishi
    • 学会等名
      NCAFM 2012
    • 発表場所
      Cesky Krumlov, Czeck Republic
    • 年月日
      20120701-20120705
  • [備考]

    • URL

      http://www.geocities.jp/kyotonen/

URL: 

公開日: 2014-07-16  

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