研究課題/領域番号 |
11J09332
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研究機関 | 慶應義塾大学 |
研究代表者 |
玉木 聡志 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特別研究員(DC1)
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キーワード | 合成生物学 / コドン / 翻訳効率 / プロテオーム / 微生物 / tRNA / codon co-occurrence / リボソーム |
研究概要 |
近年の研究成果より、yeastにおいて同義コドンが連続してコードされやすい傾向が明かとなりその同義コドンの連続性(codon co-occurrence)の傾向が強い遺伝子はたんぱく質のelongation効率の良い事が知られている。本研究では原核生物において同様の現象が起こっているか確かめるものである。 これまでの研究内容により、バクテリア全般においてcodon co-occurrenceの現象が確認された。現在たんぱく領域内でのよりローカルはエリアでの翻訳効率を明らかにするため、たんぱく質翻訳のシミュレーションモデルにcodon co-occurrenceのパラメータを組み込んでいる。ゲノムワイドに観察されるcodon co-occurrenceは合成生物学的において新たなゲノムを設計する際、重要な要素として考慮すべきパラメータであると考えられ、本研究は有用生物の効率的なゲノムデザインに貢献することが期待される。
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現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
当初の予定であったバクテリアのcodon co-occurrenceは確認され、予定通り翻訳モデルの作成に着手しているため。
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今後の研究の推進方策 |
今後は質量分析装置を用いた原核・真核生物の定量プロテームデータを用いる事でcodon co-occurrenceが翻訳効率に及ぼす影響についてより定量的な評価を行う予定である。
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