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近年DNA、RNA等の核酸分子の分子認識能が注目されている。本研究では分子認識素子としての核酸分子の設計を行い、その実用性を実証した。またターゲットに結合した核酸分子の回収・分析・増幅方法の確立を行った。シングルループやダブルループの二次構造を持つ一本鎖オリゴヌクレオチドライブラリーをいくつか合成した。これらを用いて種々のターゲットタンパク質に対してwesternブロットおよびdotブロットを行うとシグナルが検出されたことから、一本鎖オリゴヌクレオチドとタンパク質が結合していることが確認できた。しかしターゲットタンパク質が高濃度に存在すると結合できない現象も確認された。ターゲットタンパク質と結合したDNA分子の回収・増幅方法について検討した。フィルターからの回収方法としてはシグナル部分を切り出し、適量のTE bufferで浸し、100℃、10minを行うことで回収できることがわかった。また結合した一本鎖オリゴヌクレオチドの増幅方法としてはビオチン化プライマーとアビジン化アガロースを用いる方法で回収できることが確認できた。またこれらの一本鎖オリゴヌクレオチドの塩基配列を決定するため、直接回収したオリゴヌクレオチドをテンプレートとして試みたが、短いため困難であった。そこでプラスミドに一度組換えて行う方法を試み、解読することが可能となった。また液/液界面培養法で形成された細胞集合体とコラーゲンコートウェルで単層培養した細胞との細胞表層に提示されている分子の違いについては、凍結融解による細胞の破砕と表層タンパク質の分離を試み、それぞれの成分の分離に成功している。これらのサンプルのSDS-PAGEではほとんど違いは認められなかった。今後このサンプルに開発中の一本鎖オリゴヌクレオチドライブラリーを応用していく必要がある。
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