生命システムの解明に向けた統合的ゲノム研究

2002 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 12201001
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 小原 雄治 国立遺伝学研究所, 生物遺伝資源情報総合センター, 教授 (70135292)
• 研究分担者: 高木 利久 東京大学, 医科学研究所, 教授 (30110836) ; 小笠原 直毅 奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 教授 (10110553) ; 菅野 純夫 東京大学, 医科学研究所, 助教授 (60162848) ; 笹月 健彦 国立国際医療センター, 研究所長 (50014121) ; 五條堀 孝 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (50162136)
• キーワード: ゲノムシーケンシング / EST / リソース / 社会との接点 / 産学連携

研究概要

4領域全体の調整・推進、わが国のゲノム研究の機動的・有機的な研究推進のシステム作り、ピーク研究を支えるための基盤研究事業の支援、すそ野を広げるための研究支援事業、社会との接点などの活動をおこなった。主なものとして以下をあげる。
研究支援委員会
1)シーケンシングセンター委員会:年間800万リードのキャパシティをもつシーケンシングシステムを構築し、4領域のゲノム/cDNAシーケンシングについて全面的に請け負い、本年度はホヤゲノム(160Mb、米国JGIと共同)のドラフトを完了し、メダカゲノム(800Mb)を開始した。また、霊長類(チンパンジー、ゴリラなど)、ショウジョウバエ近縁種、ゼニゴケY染色体のBAC/PAC/cosmidクローンを決定した。cDNAについては、線虫、ホヤ、ヌタウナギ、メダカ、シクリッド、オオムギ、コムギ、ヒメツリガネゴケ、アサガオ、などから約130万ESTを得た。
2)リソース委員会:本特定領域研究で作成された遺伝子改変系統や遺伝子クローンの維持・配布支援をおこなった。
対外委員会
1)広報委員会:ホームページ、ニュースレター、メールニュース、シンポジウムなどの活動をおこない、対社会、対研究コミュニティへの情報公開・発信をおこなった。
2)産学連携・協力委員会:特許問題を含め、本特定の成果の産業創生への橋渡しの拠点となるべく、議論を進めた。
3)社会との接点委員会:ゲノム科学と社会の双方向のやりとりの場として「ゲノムひろば」を東京、京都、福岡で開催し、交流の実をあげるとともに、今後の問題点を整理した。また、医科学倫理問題の検討を進めた。

研究成果

• [文献書誌] Kazuo Inaba: "EST analysis of gene expression in testis of the ascidian Ciona intestinalis"Molecular Reproduction and Development. Volume 62,Issue 4. 431-445 (2002)
• [文献書誌] Takeshi Kawashima: "Update of MAGEST : Maboya Gene Expression patterns and Sequence Tags"Nucleic Acids Research. Vol.30,No.1. 119-120 (2002)
• [文献書誌] Shigeki Fujiwara: "Gene expression profiles in Ciona intestinalis cleavage-stage embryos"Mechanisms of Development. 112. 115-127 (2002)
• [文献書誌] Michio Ogasawara: "Gene expression profiles in young adult Ciona intestinalis"Dev.Genes. Evol.,212. 173-185 (2002)
• [文献書誌] Yutaka Satou: "Ciona intestinalis cDNA projects : expressed sequence tag analyses and gene expression profiles during embryogenesis"Gene. 287. 83-96 (2002)
• [文献書誌] Takehiko Kusakabe: "Gene espression profiles in tadpole larvae of Ciona intestinalis"Developmental Biology. 242. 188-203 (2002)
• [文献書誌] Dehal P#, Satou Y#: "The draft genome of Ciona intestinalis : insights into chordate and vertebrate origins"Science. 298 Dec.13issue. 2157-2167 (2002)
• [文献書誌] Ohta, N.: "Complete sequence and analysis of the plastid genome of the unicellular red alga CyanidiosChyzon merolae"DNA Research. (in press). (2003)