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2004 年度 研究成果報告書概要

細胞システム解明に向けたゲノム生物学の新展開

研究課題

研究課題/領域番号 12205001
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関奈良先端科学技術大学院大学

研究代表者

小笠原 直毅  奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 教授 (10110553)

研究分担者 藤田 泰太郎  福山大学, 生命工学部, 教授 (40115506)
大森 正之  埼玉大学, 理学部, 教授 (80013580)
林 哲也  宮崎大学, フロンティア科学実験総合センター, 教授 (10173014)
饗場 浩文  名古屋大学, 生命農学研究科, 助教授 (60211687)
久原 哲  九州大学, 農学研究院, 教授 (00153320)
研究期間 (年度) 2000 – 2005
キーワードゲノム / トランスクリブトーム / プロテオーム / メタボローム / バイオインフォマティックス
研究概要

平成12-16年度の5年間の研究により、以下の成果を得た。(1)枯草菌・大腸菌というモデル微生物の必須遺伝子セットを明らかし、細胞機能の根幹を担う遺伝子の普遍性と多様性の理解が進んだ。発現制御ネットワークの全体像の解明が進み、特に、2成分制御系の全体像とそれらの機能ネットワークが明らかにされた。(2)約1000代謝中間体の定量が可能である、最先端のメタボローム解析技術を世界に先駆けて開発し、枯草菌・大腸菌の代謝システムのシステム的理解への展望を示した。(3)光合成機能の制御やストレス応答のシグナル伝達・遺伝子発現制御システムを中心に、シアノバクテリアの生命現象の分子的理解について、多数の成果を得た。(4)病原性細菌のゲノム配列情報に基づく、新規病原遺伝子群の発見やその解析により、病原性メカニズムや病原菌のゲノム特性に関する理解を大きく前進させた。(5)真核生物の起源に最も近い生物である原始紅藻のゲノム配列を、真核生物としては世界で始めて完全に決定した。(6)独特な生活環を持つ細胞性粘菌について、大規模なcDNA解析と遺伝子発現プロファイル解析を行い、国際的な細胞性粘菌のゲノムプロジェクトに貢献した。(7)ゲノム配列情報の比較解析、タンパク質の高次構造と機能予測、アレー実験からのネットワーク解析、細胞機能のシミュレーション等の研究を推進すると共に、枯草菌・シアノバクテリアのゲノム構造・機能に関する、世界標準となるデータベースを構築した。(8)真核生物を含む様々な生物の、諸細胞機能を担う遺伝子システムの研究、遺伝子ファミリーのシステマチックな研究、遺伝子とゲノムの進化・多様化に関する研究を推進し、我国のゲノム生物学研究の裾野を大きく広げた。総括班では、領域内外の研究連携の推進のためのシンポジウム・研究会の開催、大型機器の購入、研究支援者の雇用や事業的経費の支援を行った。

  • 研究成果

    (42件)

すべて 2005 2004 2003 2002 2001

すべて 雑誌論文 (42件)

  • [雑誌論文] Prediction of transcriptional terminators in Bacillus subtilis and related species.2005

    • 著者名/発表者名
      de Hoon, M. J.
    • 雑誌名

      PLoS Comput Biol 1

      ページ: e25

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Identification of Low-temperature-regulated ORFs in the cyanobacterium Anabaena sp. strain PCC 7120 : distinguishing the effects of low temperature from the effects of photosystem II excitation pressure.2005

    • 著者名/発表者名
      Ehira, S.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiol 46

      ページ: 1237-1245

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Translocation of a long amino-terminal domain through ER membrane by following signal-anchor sequence.2005

    • 著者名/発表者名
      Kida, Y.
    • 雑誌名

      EMBO J 24

      ページ: 3202-3213

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Large-scale prediction of cationic metabolite identity and migration time in capillary electrophoresis mass spectrometry using artificial neural networks.2005

    • 著者名/発表者名
      Sugimoto, M.
    • 雑誌名

      Anal Chem 77

      ページ: 78-84

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] The genome of the social amoeba Dictyostelium discoideum.2005

    • 著者名/発表者名
      Eichinger, L.
    • 雑誌名

      Nature 435

      ページ: 43-57

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Prediction of transcriptional terminators in Bacillus subtilis and related species.2005

    • 著者名/発表者名
      de Hoon, M.J., Makita, Y., Nakai, K., Miyano, S.
    • 雑誌名

      PLoS Comput Biol 1

      ページ: e25

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Identification of Low-temperature-regulated ORFs in the cyanobacterium Anabaena sp. strain PCC 7120 : distinguishing the effects of low temperature from the effects of photosystem II excitation pressure.2005

    • 著者名/発表者名
      Ehira, S., Ohmori, M., Sato, N.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiol 46

      ページ: 1237-1245

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Translocation of a long amino-terminal domain through ER membrane by following signal-anchor sequence.2005

    • 著者名/発表者名
      Kida, Y., Mihara, K., Sakaguchi, M.
    • 雑誌名

      EMBO J 24

      ページ: 3202-3213

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Large-scale prediction of cationic metabolite identity and migration time in capillary electrophoresis mass spectrometry using artificial neural networks.2005

    • 著者名/発表者名
      Sugimoto, M., Kikuchi, S., Arita, M., Soga, T., Nishioka, T., Tomita, M.
    • 雑誌名

      Anal Chem 77

      ページ: 78-84

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] The genome of the social amoeba Dictyostelium discoideum.2005

    • 著者名/発表者名
      Eichinger, L., Pachebat, J.A., Glockner, G., Rajandream, M.A., Sucgang, R., Berriman, M., Song, J., Olsen, R., Szafranski, K., Xu, Q., et al.
    • 雑誌名

      Nature 435

      ページ: 43-57

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Genome sequence of the ultra-small unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae 10D2004

    • 著者名/発表者名
      Matsuzaki, M.
    • 雑誌名

      Nature 428

      ページ: 653-657

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Predicting gene regulation by sigma factors in Bacillus subtilis from genome-wide data.2004

    • 著者名/発表者名
      De Hoon, M. J.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 20 Suppl 1

      ページ: I101-I108

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Protein network inference from multiple genomic data : a supervised approach.2004

    • 著者名/発表者名
      Yamanishi, Y.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 20 Suppl 1

      ページ: I363-I370

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Toward large-scale modeling of the microbial cell for computer simulation.2004

    • 著者名/発表者名
      Ishii, N.
    • 雑誌名

      J Biotechnol 113

      ページ: 281-294

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Genome sequence of the ultrasmall unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae 10D.2004

    • 著者名/発表者名
      Matsuzaki, M., Misumi, O., Shin, I.T., Maruyama, S., Takahara, M., Miyagishima, S.Y., Mori, T., Nishida, K., Yagisawa, F., Nishida, K., et al.
    • 雑誌名

      Nature 428

      ページ: 653-657

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Predicting gene regulation by sigma factors in Bacillus subtilis from genome-wide data.2004

    • 著者名/発表者名
      De Hoon, M.J., Makita, Y., Imoto, S., Kobayashi, K., Ogasawara, N., Nakai, K., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 20 Suppl 1

      ページ: 1101-1108

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Protein network inference from multiple genomic data : a supervised approach.2004

    • 著者名/発表者名
      Yamanishi, Y., Vert, J.P., Kanehisa, M.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 20 Suppl 1

      ページ: 1363-1370

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Toward large-scale modeling of the microbial cell for computer simulation.2004

    • 著者名/発表者名
      Ishii, N., Robert, M., Nakayama, Y., Kanai, A., Tomita, M.
    • 雑誌名

      J Biotechnol 113

      ページ: 281-294

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Dynamic recruitment of dynamin for final mitochondrial severance in a primitive red alga.2003

    • 著者名/発表者名
      Nishida, K.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci USA 100

      ページ: 2146-2151

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Essential Bacillus subtilis genes2003

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, K.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci USA 100

      ページ: 4678-4683

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] An RNA-modifying enzyme that governs both the codon and amino acid specificities of isoleucine tRNA2003

    • 著者名/発表者名
      Soma, A.
    • 雑誌名

      Mol Cell 12

      ページ: 689-698

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Genome sequence of Vibrio parahaemolyticus : a pathogenic mechanism distinct from that of V. cholerae.2003

    • 著者名/発表者名
      Makino, K.
    • 雑誌名

      Lancet 361

      ページ: 743-749

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Quantitative metabolome analysis using capillary electrophoresis mass spectrometry.2003

    • 著者名/発表者名
      Soga, T.
    • 雑誌名

      J Proteome Res 2

      ページ: 488-494

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Discovery of novel transcription control relationships with gene regulatory networks generated from multiple-disruption full genome expression libraries.2003

    • 著者名/発表者名
      Aburatani, S.
    • 雑誌名

      DNA Res 10

      ページ: 1-8

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Genome-wide expression analysis of the responses to nitrogen deprivation in the heterocyst-forming cyanobacterium Anabaena sp. strain PCC 7120.2003

    • 著者名/発表者名
      Ehira, S.
    • 雑誌名

      DNA Res 10

      ページ: 97-113

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Dynamic recruitment of dynamic for final mitochondrial severance in a primitive red alga.2003

    • 著者名/発表者名
      Nishida, K., Takahara, M., Miyagishima, S.Y., Kuroiwa, H., Matsuzaki, M., Kuroiwa, T.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci U S A 100

      ページ: 2146-2151

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Essential Bacillus subtilis genes.2003

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, K., Ehrlich, S.D., Albertini, A., Amati, G., Andersen, K.K., Arnaud, M., Asai, K., Ashikaga, S., Aymerich, S., Bessieres, P., et al.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci U S A 100

      ページ: 4678-4683

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] An RNA-modifying enzyme that governs both the codon and amino acid specificities of isoleucine tRNA.2003

    • 著者名/発表者名
      Soma, A., Ikeuchi, Y., Kanemasa, S., Kobayashi, K., Ogasawara, N., Ote, T., Kato, J., Watanabe, K., Sekine, Y., Suzuki, T.
    • 雑誌名

      Mol Cell 12

      ページ: 689-698

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Genome sequence of Vibrio parahaemolyticus : a pathogenic mechanism distinct from that of V cholerae.2003

    • 著者名/発表者名
      Makino, K., Oshima, K., Kurokawa, K., Yokoyama, K., Uda, T., Tagomori, K., Iijima, Y., Najima, M., Nakano, M., Yamashita, A., et al.
    • 雑誌名

      Lancet 361

      ページ: 743-749

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Quantitative metabolome analysis using capillary electrophoresis mass spectrometry.2003

    • 著者名/発表者名
      Soga, T., Ohashi, Y., Ueno, Y., Naraoka, H., Tomita, M., Nishioka, T.
    • 雑誌名

      J Proteome Res 2

      ページ: 488-494

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Discovery of novel transcription control relationships with gene regulatory networks generated from multiple-disruption full genome expression libraries.2003

    • 著者名/発表者名
      Aburatani, S., Tashiro, K., Savoie, C.J., Nishizawa, M., Hayashi, K., Ito, Y., Muta, S., Yamamoto, K., Ogawa, M., Enomoto, A., et al.
    • 雑誌名

      DNA Res 10

      ページ: 1-8

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Genome-wide expression analysis of the responses to nitrogen deprivation in the heterocyst-forming cyanobacterium Anabaena sp. strain PCC 7120.2003

    • 著者名/発表者名
      Ehira, S., Ohmori, M., Sato, N.
    • 雑誌名

      DNA Res 10

      ページ: 97-113

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Complete genome sequence of Clostridium perfringens, an anaerobic flesh-eater.2002

    • 著者名/発表者名
      Shimizu, T.
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99

      ページ: 996-1001

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Genomic diversity of Escherichia coli O157 revealed by whole genome PCR Scanning.2002

    • 著者名/発表者名
      Ohnishi, M.
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99

      ページ: 17043-17048

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Transcriptome analysis of all two-component regulatory system mutants of Escherichia coli K-12.2002

    • 著者名/発表者名
      Oshima, T.
    • 雑誌名

      Mol Microbiol 46

      ページ: 281-291

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] A transcriptional profile of multicellular development in Dictyostelium discoideum.2002

    • 著者名/発表者名
      Van Driessche, N.
    • 雑誌名

      Development 129

      ページ: 1543-1552

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Complete genome sequence of Clostridium perfringens, an anaerobic flesh-eater.2002

    • 著者名/発表者名
      Shimizu, T., Ohtani, K., Hirakawa, H., Ohshima, K., Yamashita, A., Shiba, T., Ogasawara, N., Hattori, M., Kuhara, S., Hayashi, H.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci U S A 99

      ページ: 996-1001

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Genomic diversity of enterohemorrhagic Escherichia coli 0157 revealed by whole genome PCR scanning.2002

    • 著者名/発表者名
      Ohnishi, M., Terajima, J., Kurokawa, K., Nakayama, K., Murata, T., Tamura, K., Ogura, Y., Watanabe, H., Hayashi, T.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci U S A 99

      ページ: 17043-17048

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Transcriptome analysis of all two-component regulatory system mutants of Escherichia coli K-12.2002

    • 著者名/発表者名
      Oshima, T., Aiba, H., Masuda, Y., Kanaya, S., Sugiura, M., Wanner, B.L., Mori, H., Mizuno, T.
    • 雑誌名

      Mol Microbiol 46

      ページ: 281-291

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] A transcriptional profile of multicellular development in Dictyostelium discoideum.2002

    • 著者名/発表者名
      Van Driessche, N., Shaw, C., Katoh, M., Morio, T., Sucgang, R., Ibarra, M., Kuwayama, H., Saito, T., Urushihara, H., Maeda, M., et al.
    • 雑誌名

      Development 129

      ページ: 1543-1552

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Comprehensive DNA microarray analysis of Bacillus subtilis two-component regulatory systems.2001

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, K.
    • 雑誌名

      J Bacteriol 183

      ページ: 7365-7370

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Comprehensive DNA microarray analysis of Bacillus subtilis two-component regulatory systems.2001

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, K., Ogura, M., Yamaguchi, H., Yoshida, K., Ogasawara, N., Tanaka, T., Fujita, Y.
    • 雑誌名

      J Bacteriol 183

      ページ: 7365-7370

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より

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公開日: 2008-05-27  

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