2000 年度実績報告書

タンパク質高次構造情報の整備・流通と予測情報の評価(調整班)

研究課題

研究課題/領域番号	12207002
研究種目	特定領域研究(C)
研究機関	名古屋大学
研究代表者	郷通子名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)
研究分担者	美宅成樹東京農工大学, 工学部, 教授 (10107542) 西川建国立遺伝学研究所, 教授 (10093288)
キーワード	ホモロジーモデリング / 国際予測コンテストCASP4 / 3Dキーノート / ゲノム機能予測 / タンパク質立体構造予測 / Gtop / 膜タンパク質
研究概要	国際シンポジウム、研究会、公開ワークショップ、国際コンテストへの代表派遣など、種々の活動を行ってタンパク質高次構造情報の整備・流通と予測情報の評価を実施した。(1)高次ゲノム研究会(平成12年7月21日(金)〜24日(月)、東レ総合研修センター)では班員が30分の持ち時間で研究内容と研究計画を講演して、活発な討論をおこなった。(2)コンピューテーショナルゲノミックス勉強会(平成12年9月14日(木)、東北大学青葉山キャンパス理学研究科物理学専攻物理B棟3階物理第1講義室)若手中心でゲノム研究の方向をめぐる勉強会を開催。(3)タンパク質立体構造予測国際コンテスト(CASP4)(12月3〜7日、カリフォルニア州アシロマ)へ日本から2グループを派遣した。初参加であった北里大学の梅山秀明グループが、自動モデリング部門において、ホモロジーモデリングのソフトウエア30あまりのグループの中で総合点7位に入賞を果たした。採点方法の基準によっては、世界第1位のグループよりも優れた成績を得たことは、この分野での日本の実力がきわめて高いレベルにあることを示している。(4)第1回「タンパク質高次構造に基づくゲノム情報科学」公開ワークショップ(平成13年1月22〜23日、日本薬学会長井記念ホール(東京渋谷))1日目は班員の成果発表を兼ねて、班員と一般参加者によるのポスター発表をおこなった。2日目は海外からタンパク質構築と生命情報学の分野から計2名、国内から8名の講演者を招いてシンポジウムを行った。200名を越える参加者があり活発な討論が行われた。講演要旨集を発行した。

研究成果
(18件)

すべてその他

すべて文献書誌 (18件)

[文献書誌] Kikuchi,H. et al.: "Significance of a Two-Domain Structure in Subunits of Phycobiliproteins Revealed by the Normal Mode Analysis."Biophysical Journal. 79・3. 1587-1600 (2000)
[文献書誌] 郷通子: "タンパク質の部分立体構造とゲノム機能推定"生物物理. 40・5. 313-314 (2000)
[文献書誌] Yoshihara,S. et al.: "Mutational analysis of genes involved in pilus structure, motility and transformation competency in the unicellular motile cyanobacterium Synechocystis sp.PCC 6803."Plant Cell Physiol.. 42. 63-73 (2001)
[文献書誌] Takahashi,K. et al.: "Conformational characterization of designed minibarnase."Biopolymers. 58・3. 260-267 (2001)
[文献書誌] Ahsan,M.M. et al.: "Capacity of Thermoonospora alba XylA to impart thermostability in family F/10 chimeric xylanases."Enzyme Microb.Technol.. 28. 8-15 (2001)
[文献書誌] Kawabata,T. et al.: "Structural/functional assignment of unknown bacteriphage T4 proteins by iterative database searches."GENE. 259. 223-233 (2000)
[文献書誌] Kawabata,T. et al.: "Protein structure comparison using the Markov transition matrix of evolution."PROTEINS. 41. 108-122 (2000)
[文献書誌] Isogai,Y. et al.: "Redesign of artificial globins. Effects of residue replacements at hydrophobic sites on the structural"Biochemistry. 39. 5683-5690 (2000)
[文献書誌] Nakashima,H. et al.: "The genomic DNA sequences of various species are distinctively distributed in nucleotide composition space."Res.Comm.Biochem.Cell & Mol.Biol.. 4. 25-45 (2000)
[文献書誌] 西川建: "ゲノム情報からの立体構造予測"生物物理. 231. 307-308 (2000)
[文献書誌] 石川孝,美宅成樹,寺野隆雄: "概念階層と探索バイアスを用いた・LP手法によるタンパク質機能モデルの発見"人工機能学会誌. 15・1. 169-176 (2000)
[文献書誌] Sakai,H. et al.: "Ultrasonic Properties of a Binary System of a Soluble Proein, a-Lactalbumin and Dimyristoyl Phosphatidylcholine Membrane."Jpn.J.Appl.Phys.. 39. 2948-2949 (2000)
[文献書誌] Suwa,M. et al.: "A novel measure characterized by a polar energy surface approximation for recognition and classification of transmembrane protein structures."PROTEINS. 41・4. 504-517 (2000)
[文献書誌] Hirokawa,T. et al.: "A triangle lattice model that predicts transmembrane helix configuration using a polar jigsaw-puzzle."Protein Engineering. 13・11. 771-778 (2000)
[文献書誌] 郷通子(分担執筆): "生物の働きを生み出すタンパク質のかたち,「タンパク質はどのように進化してきたか」"クバプロ. 199 (2000)
[文献書誌] 郷通子(分担執筆): "プロテオミクスの基礎,「構造から機能を探る」"講談社. 166 (2000)
[文献書誌] 美宅成樹(分担執筆): "生体とエネルギーの物理,第1章「生命の理解のために」"裳華房. 258 (2000)
[文献書誌] 美宅成樹: "子どもにきちんと答えられる遺伝子Q&A100"講談社. 246 (2000)

2000 年度 実績報告書

タンパク質高次構造情報の整備・流通と予測情報の評価(調整班)

研究代表者

郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

研究成果

[文献書誌] Kikuchi,H. et al.: "Significance of a Two-Domain Structure in Subunits of Phycobiliproteins Revealed by the Normal Mode Analysis."Biophysical Journal. 79・3. 1587-1600 (2000)

[文献書誌] 郷通子: "タンパク質の部分立体構造とゲノム機能推定"生物物理. 40・5. 313-314 (2000)

[文献書誌] Yoshihara,S. et al.: "Mutational analysis of genes involved in pilus structure, motility and transformation competency in the unicellular motile cyanobacterium Synechocystis sp.PCC 6803."Plant Cell Physiol.. 42. 63-73 (2001)

[文献書誌] Takahashi,K. et al.: "Conformational characterization of designed minibarnase."Biopolymers. 58・3. 260-267 (2001)

[文献書誌] Ahsan,M.M. et al.: "Capacity of Thermoonospora alba XylA to impart thermostability in family F/10 chimeric xylanases."Enzyme Microb.Technol.. 28. 8-15 (2001)

[文献書誌] Kawabata,T. et al.: "Structural/functional assignment of unknown bacteriphage T4 proteins by iterative database searches."GENE. 259. 223-233 (2000)

[文献書誌] Kawabata,T. et al.: "Protein structure comparison using the Markov transition matrix of evolution."PROTEINS. 41. 108-122 (2000)

[文献書誌] Isogai,Y. et al.: "Redesign of artificial globins. Effects of residue replacements at hydrophobic sites on the structural"Biochemistry. 39. 5683-5690 (2000)

[文献書誌] Nakashima,H. et al.: "The genomic DNA sequences of various species are distinctively distributed in nucleotide composition space."Res.Comm.Biochem.Cell & Mol.Biol.. 4. 25-45 (2000)

[文献書誌] 西川建: "ゲノム情報からの立体構造予測"生物物理. 231. 307-308 (2000)

[文献書誌] 石川孝,美宅成樹,寺野隆雄: "概念階層と探索バイアスを用いた・LP手法によるタンパク質機能モデルの発見"人工機能学会誌. 15・1. 169-176 (2000)

[文献書誌] Sakai,H. et al.: "Ultrasonic Properties of a Binary System of a Soluble Proein, a-Lactalbumin and Dimyristoyl Phosphatidylcholine Membrane."Jpn.J.Appl.Phys.. 39. 2948-2949 (2000)

[文献書誌] Suwa,M. et al.: "A novel measure characterized by a polar energy surface approximation for recognition and classification of transmembrane protein structures."PROTEINS. 41・4. 504-517 (2000)

[文献書誌] Hirokawa,T. et al.: "A triangle lattice model that predicts transmembrane helix configuration using a polar jigsaw-puzzle."Protein Engineering. 13・11. 771-778 (2000)

[文献書誌] 郷通子(分担執筆): "生物の働きを生み出すタンパク質のかたち,「タンパク質はどのように進化してきたか」"クバプロ. 199 (2000)

[文献書誌] 郷通子(分担執筆): "プロテオミクスの基礎,「構造から機能を探る」"講談社. 166 (2000)

[文献書誌] 美宅成樹(分担執筆): "生体とエネルギーの物理,第1章「生命の理解のために」"裳華房. 258 (2000)

[文献書誌] 美宅成樹: "子どもにきちんと答えられる遺伝子Q&A100"講談社. 246 (2000)

2000 年度実績報告書

郷通子名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)